ECLI:CZ:NSS:2020:9.AFS.81.2020:40
sp. zn. 9 Afs 81/2020 - 40
ROZSUDEK
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Radana Malíka a soudců
JUDr. Pavla Molka a JUDr. Barbary Pořízkové v právní věci žalobkyně: BOHEMIACHLAD,
spol. s r. o., se sídlem Možného 794/15, Praha 6, zast. doc. JUDr. Tomášem Gřivnou, Ph.D.,
advokátem se sídlem Revoluční 1044/23, Praha 1, proti žalovanému: Finanční úřad pro hlavní
město Prahu, se sídlem Štěpánská 619/28, Praha 1, o žalobě na ochranu před nezákonným
zásahem správního orgánu, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského
soudu v Praze ze dne 16. 3. 2020, č. j. 11 A 51/2019 - 37,
takto:
I. Kasační stížnost se zamí t á.
II. Žádný z účastníků n emá p ráv o na náhradu nákladů řízení.
Odůvodnění:
I. Vymezení věci
[1] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále je „správce daně“) zahájil dne 25. 11. 2015
u žalobkyně daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2012
a 2013. Dne 22. 3. 2019, tedy za trvání daňové kontroly, podala žalobkyně proti daňové kontrole
za rok 2013 zásahovou žalobu k Městskému soudu v Praze (dále jen „městský soud“). Zásah
spatřovala v tom, že daňová kontrola pokračovala i po 25. 11. 2018, kdy podle ní uplynula tříletá
prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013,
takže počínaje dnem 26. 11. 2018 již byla nezákonná. Požadovala proto, aby městský soud
přikázal žalovanému daňovou kontrolu ukončit. Pokud by již byla do rozhodnutí městského
soudu ukončena, navrhla, aby byla deklarována její nezákonnost.
[2] Městský soud žalobu zamítl rozsudkem ze dne 16. 3. 2020. Vyšel z toho, že §38r odst. 2
zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon
o daních z příjmů“), upravuje lhůtu pro stanovení daně v případech, kdy daňový subjekt uplatní
daňovou ztrátu, odlišně od obecné tříleté prekluzivní lhůty, a to tak, že lhůta jak pro zdaňovací
období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která bylo možné
daňovou ztrátu uplatnit, končí se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období,
za které bylo možno daňovou ztrátu uplatnit. Lhůta pro stanovení daně, která je upravena v §38r
odst. 2 zákona o daních z příjmů, představuje ve vztahu k obecnému ustanovení §148 odst. 1
zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“),
speciální právní úpravu lhůty pro stanovení daně právě v případech, kdy došlo ke vzniku daňové
ztráty, kterou daňový subjekt může podle §34 odst. 1 zákona o daních z příjmů uplatnit nejdéle
v pěti zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta
vyměřuje. Stěžovatelka vykázala daňovou ztrátu za zdaňovací období roku 2013. Vykázanou
daňovou ztrátu pak mohla odečíst od základu daně v následujících pěti zdaňovacích obdobích,
tedy v letech 2014, 2015, 2016, 2017 a 2018. Prekluzivní lhůta pro stanovení daně za rok 2013
se neodvíjí od obecného ustanovení §148 odst. 1 daňového řádu, nýbrž je nutno postupovat
podle speciálního ustanovení §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, takže tříletou prekluzivní
lhůtu je nutno počítat od posledního zdaňovacího období, za které bylo možno daňovou ztrátu
uplatnit, tedy v daném případě od roku 2018. Lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických
osob za rok 2013 by tedy podle §38r zákona o daních příjmů uplynula dne 1. 4. 2022.
[3] V dané věci postupoval žalovaný souběžně také podle obecné právní úpravy, uvedené
v §148 odst. 3 daňového řádu, protože zvláštní ustanovení §38r odst. 2 zákona o daních
z příjmů důsledky zahájení daňové kontroly nijak neupravuje. Pokud je zahájena daňová kontrola
u daňového subjektu, který uplatnil daňovou ztrátu, běží jednak lhůta podle obecné právní
úpravy, jednak lhůta podle zvláštní právní úpravy. Tyto lhůty mohou končit rozdílně, jedna lhůta
může uplynout v době, kdy druhá lhůta dosud běží. Při posouzení konce lhůty pro stanovení
daně je nutno opět respektovat zásadu priority aplikace zvláštní právní úpravy. K tomu, aby došlo
ke skutečnému „prodloužení“ lhůty pro stanovení daně podle §148 odst. 3 daňového řádu,
musí tato „prodloužená“ lhůta uplynout později, než by uplynula lhůta pro stanovení daně podle
§38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Neuplynula-li lhůta pro stanovení daně za zdaňovací
období roku 2013 podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, která uplyne 1. 4. 2022,
pak je skutečnost, že v rámci běhu této lhůty uplynula lhůta podle obecné právní úpravy obsažené
v §148 odst. 3 daňového řádu, irelevantní. Uplynutím lhůty podle §148 odst. 3 daňového řádu
se na běhu lhůt podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů nic nezměnilo. Tyto lhůty platí
bez ohledu na to, zda je či není u daňového subjektu prováděna daňová kontrola.
[4] Městský soud nicméně odmítl názor žalovaného, že se lhůta pro stanovení daně
za období roku 2009, včetně zdaňovacích období 2010 až 2014, nově odvíjí od lhůty
pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2018, proto lhůta pro stanovení daně z příjmů
právnických osob za zdaňovací období roku 2012 skončí také až dnem 1. 4. 2022. Řetězení
těchto lhůt, které prosazoval žalovaný, ve skutečnosti možné není, neboť každá vzniklá daňová
ztráta má svůj samostatný režim. Žalovaný tedy nemůže daňovou kontrolu, týkající se roku 2013,
zaměřit na zjištění toho, zda žalobkyně správně odepisovala v roce 2013 ztrátu, která vznikla
v roce 2009, protože ve vztahu k roku 2009 i ve vztahu k rokům po tomto roce bezprostředně
následujícím uplynula prekluzivní tříletá lhůta, počínající běžet ode dne zahájení kontroly podle
§148 odst. 3 daňového řádu, dnem 25. 11. 2018, přičemž lhůta podle §38r zákona o daních
příjmů uplynula ve vztahu k daňové ztrátě za rok 2009 již 31. 12. 2017, resp. 1. 4. 2018. Naopak
lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob pro rok 2013 uplyne podle §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů dne 31. 12. 2021, respektive dne 1. 4. 2022.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného
[5] Žalobkyně (dále „stěžovatelka“) podala proti rozsudku městského soudu kasační stížnost
z důvodu uvedeného v §103 odst. 1 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního,
ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“).
[6] Připomněla, že daňová kontrola na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací
období roku 2013 zahájená dne 25. 11. 2015 stále trvá. Souhlasí s názorem městského soudu,
že §148 odst. 1 daňového řádu obsahuje obecnou právní úpravu běhu a délky prekluzivní lhůty
a §38r odst. 2 zá kona o daních z příjmů zvláštní právní úpravu, i s tím, že §38r odst. 2 zákona
o daních z příjmů neobsahuje žádná pravidla pro běh prekluzivní lhůty v případě zahájení daňové
kontroly, a proto se v případě zahájení daňové kontroly na daň z příjmů za zdaňovací období,
v němž běžela prekluzivní lhůta podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, aplikuje právní
úprava obsažená v §148 odst. 3 daňového řádu.
[7] Nesouhlasí však s názorem, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je lex specialis
k §148 odst. 3 daňového řádu a že by bylo možné současně aplikovat obecnou i zvláštní právní
úpravu. Na totožný skutkový stav, tedy na účinky zahájení daňové kontroly, nemůže být
souběžně aplikována jak obecná právní úprava uvedená v §148 odst. 3 daňového řádu,
tak zvláštní právní úprava podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Navíc §148 odst. 3
daňového řádu upravuje účinky zahájení daňové kontroly na běh prekluzivní lhůty, které §38r
odst. 2 zákona o daních z příjmů vůbec neupravuje. Mezi oběma právními úpravami tedy
nevzniká žádný konflikt, který by bylo nutné řešit podle výkladového pravidla lex specialis derogat
legi generali. V případě zahájení daňové kontroly na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací
období roku 2013 se tedy má aplikovat jen §148 odst. 3 daňového řádu. Je vyloučeno, aby běžely
současně dvě různé prekluzivní lhůty pro stanovení daně v okamžiku, kdy je zahájena daňová
kontrola. Ustanovení §148 odst. 1 daňového řádu stanoví běh prekluzivní lhůty pro stanovení
daně za období, než je zahájena daňová kontrola. Je-li zahájena, pak se podle §148 odst. 3
daňového řádu běh prekluzivní lhůty přeruší a začíná běžet nová prekluzivní lhůta pro stanovení
daně. V souladu s §148 odst. 1 a 2 daňového řádu nemůže nikdy dojít k situaci, že by současně
běžely dvě různé prekluzivní lhůty pro stanovení daně – jedna podle §148 odst. 1 daňového řádu
a druhá podle §148 odst. 3 daňového řádu. Zahájením daňové kontroly se v souladu s §148
odst. 3 daňového řádu přerušuje dosavadní běh prekluzivní lhůty podle §148 odst. 1 daňového
řádu nebo podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, které běžely před zahájením daňové
kontroly, a začíná běžet nová prekluzivní lhůta pro stanovení daně.
[8] Navíc je právní názor městského soudu v rozporu i s teleologickým výkladem §148 odst.
3 daňového řádu, respektive obecně se smyslem prekluzivních lhůt pro stanovení daně.
Tím je podnítit správce daně k včasnému výkonu jeho práv a povinností, zamezit průtahům
v řízení, nastolit právní jistotu a současně zamezit vedení dokazování o skutečnostech, k nimž
postupně v důsledku běhu času mizí důkazy. Stěžovatelkou zastávaný výklad §38r odst. 2 zákona
o daních z příjmů a §148 odst. 3 daňového řádu na straně jedné ponechává správci
daně dostatečný čas v délce tří let pro provedení daňové kontroly daně z příjmů za příslušné
zdaňovací období a na druhé straně chrání daňový subjekt před neúměrnými průtahy, náklady,
postupně se zhoršující důkazní situací a právní nejistotou, která trvá po mnoho let. Naproti tomu
výklad zastávaný městským soudem výrazně favorizuje správce daně, kterému umožňuje vést
daňovou kontrolu po mnohonásobně delší období, než jsou tři roky. Prekluzivní lhůta má podle
tohoto výkladu uběhnout až dne 1. 4. 2022, takže daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických
osob za zdaňovací období roku 2013 by bylo možno vést po dobu až šesti a půl roku.
Zákonodárce stanovil, že kontrola daně z příjmů za zdaňovací období, v němž nebyla vyměřena
nebo uplatněna daňová ztráta, je ohraničena tříletou prekluzivní lhůtou. Není však zřejmé,
z jakého důvodu tato lhůta nemá stačit pro případy, kdy správce daně kontroluje daň z příjmů
za zdaňovací období, v němž tato daňová ztráta byla vyměřena či uplatněna. Správce daně může
zahájit daňovou kontrolu buď všech pěti zdaňovacích období, anebo jen jednoho z nich,
jako se stalo v tomto případě. Rozhodnutí je na správci daně. Jestliže se správce daně rozhodne
zahájit daňovou kontrolu jen jednoho zdaňovacího období, pak u tohoto zdaňovacího období
začne běžet samostatně nová prekluzivní lhůta pro stanovení daně podle §148 odst. 3 daňového
řádu.
[9] Navrhla proto, aby byl rozsudek městského soudu zrušen a věc mu vrácena k dalšímu
řízení.
[10] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti setrval na názoru, že pokud stěžovatelka
uplatnila ztrátu za rok 2009 a následně za rok 2013, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací
období roku 2009, a to včetně zdaňovacích období 2010 až 2014, se nově odvíjí od lhůty
pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2018. Lhůta pro stanovení daně z příjmů
právnických osob za zdaňovací období 2009 až 2018 tudíž skončí dne 1. 4. 2022, přestože
se s tímto závěrem týkajícím se „řetězení“ daňových ztrát městský soud neztotožnil. Naopak
se ztotožnil s rozhodujícím závěrem městského soudu, že při posouzení konce lhůty
pro stanovení daně je nutno respektovat zásadu priority aplikace zvláštní právní úpravy obsažené
v §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Navrhl, aby byla kasační stížnost zamítnuta.
[11] Stěžovatelka následně zaslala doplnění kasační stížnosti, v němž upozornila na rozhodnutí
Odvolacího finančního ředitelství ze dne 1. 6. 2020, č. j. 21074/20/5200-11431-711413,
v jehož bodě [32] tento nadřízený orgán žalovaného nově akceptoval, že uběhnutí prekluzivní
lhůty podle §148 odst. 3 daňového řádu vyvolává právní účinky i tehdy, když má uběhnout dříve
než prekluzivní lhůta pro stanovení daně podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů.
III. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu
[12] Nejvyšší správní soud (dále též „NSS“) posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu
a uplatněných důvodů a zkoumal, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel
přihlédnout z úřední povinnosti (§109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).
[13] Kasační stížnost není důvodná.
III.a Relevantní právní úprava a dosavadní judikatura
[14] Tvrzená nezákonnost zásahu v podobě daňové kontroly měla spočívat v tom, že daňová
kontrola pokračovala i poté, kdy podle stěžovatelky uplynula tříletá prekluzivní lhůta
pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013, vyplývající
z §148 odst. 3 daňového řádu.
[15] S judikaturou NSS je souladné obecné východisko stěžovatelky i městského soudu,
že daňová kontrola zahájená či pokračující po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně může
představovat nezákonný zásah. NSS například v rozsudku ze dne ze dne 12. 9. 2018,
č. j. 1 Afs 79/2018 - 29, č. 3807/2018 Sb. NSS, konstatoval, že „provádění daňové kontroly
do okamžiku prekludování daňové povinnosti bylo v souladu se zákonem a v jeho mezích; daňová kontrola
probíhala ohledně daňové povinnosti, která stále ještě mohla být změněna. Až následně – pokračováním daňové
kontroly i po prekluzi daňové povinnosti – správce daně svým jednáním vykročil ze zákonných mantinelů,
neboť prováděl daňovou kontrolu, aniž by přitom mohlo dojít ke změně daňové povinnosti. Od tohoto okamžiku
tak správce daně zasahoval do právní sféry stěžovatele, aniž by k tomu měl zákonný podklad. Až od tohoto
okamžiku prováděl daňovou kontrolu v rozporu se zákonem.“ Rozhodující tedy je, zda v daném případě
opravdu prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období
roku 2013 uplynula již dne 25. 11. 2018, jak tvrdí stěžovatelka.
[16] Podle §148 odst. 1 daňového řádu platí: Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně,
která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného
daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové
tvrzení.
[17] Podle §148 odst. 3 daňového řádu: Byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena
daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží
lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
[18] Podle §148 odst. 5 daňového řádu: Lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let
od jejího počátku podle odstavce 1.
[19] Podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů: Lze-li uplatnit daňovou ztrátu nebo její část
ve zdaňovacích obdobích následujících po zdaňovacím období, v němž daňová ztráta vznikla, jako položku
odčitatelnou od základu daně, lhůta pro vyměření jak pro zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla,
tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně
se lhůtou pro vyměření za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo její část uplatnit.
[20] Podle §34 odst. 1, věty první, zákona o daních z příjmů: Od základu daně lze odečíst daňovou
ztrátu, která vznikla a byla vyměřena za předchozí zdaňovací období nebo jeho část, a to nejdéle v 5 zdaňovacích
obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta vyměřuje.
[21] NSS se vztahem §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů k §148 daňového řádu
opakovaně zabýval a shledal, že obsahuje speciální právní úpravu lhůty pro stanovení daně
v případě možnosti uplatnění daňové ztráty. Podle konstantní judikatury se jedná o lex specialis
k obecné právní úpravě prekluzivní lhůty pro stanovení daně (viz např. rozsudky NSS ze dne
31. 8. 2004, č. j. 5 Afs 28/2003 - 69, č. 438/2005 Sb. NSS, ze dne 24. 2. 2012,
č. j. 5 Afs 66/2011 - 109, či ze dne 9. 9. 2019, č. j. 7 Afs 134/2019 - 20). Z hlediska počítání lhůty
pro doměření daně za zdaňovací období, ve kterém byla vyměřena daňová ztráta, není rozhodné,
zdali daňový subjekt daňovou ztrátu zcela nebo zčásti v následujících zdaňovacích obdobích
skutečně uplatní, nýbrž to, že tak podle zákona učinit může (rozsudek NSS ze dne 15. 4. 2016,
č. j. 4 Afs 251/2015 - 74).
[22] Smyslem obecného a zvláštního stanovení prekluzivních lhůt při vykazování daňové
ztráty se NSS zabýval v rozsudku ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019 - 48. V něm odmítl
koncepci tzv. „řetězení“ lhůt v případě uplatnění daňové ztráty a v jeho bodě [23] připomněl,
že „smyslem jasného stanovení lhůty pro stanovení daně a jejího prekluzivního charakteru je jednak zajištění
právní jistoty jak na straně daňových subjektů, tak na straně správce daně, ale zároveň i vytvoření stimulu
pro včasné uspořádání právních vztahů obou stran. Zároveň tato lhůta představuje určitou bariéru pro eventuální
svévolné zásahy do právní sféry daňových subjektů, ke kterým by při její absenci mohlo docházet. Obě strany
by měly mít objektivně daný a jednoznačně definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádávat
právní vztahy plynoucí z daňových povinností. Délka tohoto časového prostoru by pak měla být vyvážená tak,
aby zohledňovala komplikovanost a náročnost dané materie, ale zároveň nepředstavovala nedůvodný zásah
do právní jistoty zúčastněných stran, které v této souvislosti stíhá povinnost prokazovat svá tvrzení (srov. např. též
závěry usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 10. 2007, čj. 9 Afs 86/2007-161,
č. 1542/2008 Sb. NSS).“
III.b Posouzení výkladových alternativ účastníků řízení
[23] Stěžovatelkou prosazovaný výklad těmto východiskům odporuje. Domáhá se totiž toho,
aby se na prekluzivní lhůtu ve vztahu k roku 2013, kdy vykázala daňovou ztrátu, sice uplatnil
speciální režim §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, ale aby ve chvíli, kdy u ní v roce 2015 byla
zahájena daňová kontrola, se běh, resp. uplynutí této prekluzivní lhůty řídilo pouze §148 odst. 3
daňového řádu, jako by tato úprava byla ještě „speciálnější“ než speciální úprava v §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů. Samotný §148 odst. 3 daňového řádu navíc stanoví pouze přerušení
běhu lhůty, ale nestanoví její délku, to činí v rámci §148 daňového řádu obecný odst. 1.
Stěžovatelka tedy prosazuje výklad, v jehož důsledku by se nakonec obecná lhůta stanovená
§148 odst. 1 daňového řádu stala jakousi „nejspeciálnější“ lhůtou, která by v důsledku zahájení
daňové kontroly popřela stanovení konce lhůty v §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Takový
závěr o stupňování speciality od §148 odst. 1 daňového řádu k §38r odst. 2 zákona o daních
z příjmů a nakonec přes §148 odst. 3 daňového řádu zpět k jeho odst. 1 však z ničeho neplyne
a odporoval by i požadavku na přehlednost lhůt, a tedy „jednoznačně definovaný časový prostor“
ve smyslu právě citovaného rozsudku č. j. 8 Afs 58/2019 - 48.
[24] Zastávaný výklad by navíc odporoval smyslu §148 odst. 3 daňového řádu, kterým je
umožnit prodloužení prekluzivní lhůty v důsledku zahájení daňové kontroly, tj. získání dalšího
času, v jehož rámci může být v závislosti na výsledcích daňové kontroly daň správcem daně
dodatečně vyměřena. Stěžovatelka se však naopak domáhá toho, aby v důsledku úkonu
přerušujícího běh lhůty tato lhůta skončila dříve, než kdyby tento úkon nebyl učiněn.
[25] Zejména by pak její výklad odporoval smyslu samotného zakotvení zvláštní úpravy
v §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Toto ustanovení bylo ve své původní podobě vloženo
do zákona o daních z příjmů částí druhou, bodem 2 zákona č. 72/2000 Sb., o investičních
pobídkách a o změně některých zákonů. Důvodová zpráva k vložení nového §38r do zákona
o daních z příjmů zněla: „Pro možnost kontroly splnění podmínek pro uplatnění investičních pobídek
se navrhují lhůty, které výrazně překračují platné lhůty pro vyměření daně . V zájmu vyloučení
promlčení se proto navrhují odpovídající lhůty pro vyměření daně. Ze stejných důvodů se navrhuje
prodloužení lhůt pro vyměření při uplatnění odpočtu daňové ztráty od základu daně
(možnost až v sedmi následujících letech) a při finančním pronájmu s následnou koupí najaté věci,
kde minimální lhůta může činit až osm let.“ (zvýraznil NSS; důvodová zpráva reagovala na tehdejší
znění §34 odst. 1 zákona o daních z příjmů, podle nějž bylo možno daňovou ztrátu uplatnit
nejdéle v sedmi zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta vyměřuje,
zatímco nyní jde pouze o pět zdaňovacích období).
[26] V bodě [26] opakovaně citovaného rozsudku č. j. 8 Afs 58/2019 - 48 NSS odmítl,
že by ke zkrácení běhu lhůty podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů mohlo dojít v důsledku
takového faktického kroku, jakým je uplatnění daňové ztráty pouze v prvních letech pětiletého
období umožněného zákonem. Konkrétně zde uvedl: „Stejně tak nelze souhlasit se stěžovatelkou
ani v tom, že by bylo rozhodné, v jakých obdobích daňovou ztrátu fakticky uplatnila a nikoli potencialita jejího
uplatnění. Jak lze dovodit ze samotného textu zákona (zákonodárce by při výkladu prosazovaném stěžovatelkou
jistě hovořil o zdaňovacích obdobích, za něž byla ztráta uplatněna) a vyplývá to i z již existující judikatury
zdejšího soudu, pro počítání lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období, ve kterém byla vyměřena daňová
ztráta, není rozhodné, zdali daňový subjekt daňovou ztrátu zcela nebo zčásti v následujících zdaňovacích obdobích
skutečně uplatní, nýbrž to, že tak podle zákona učinit může. Lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období,
v němž vznikla ztráta, tedy obecně (tj. bez jakýchkoliv případných dalších okolností majících vliv na její běh)
skončí po uplynutí lhůty pro stanovení daně týkající se posledního (pátého) zdaňovacího období, v němž mohla být
daňová ztráta uplatněna, ať už daňový subjekt daňovou ztrátu fakticky uplatnil v kterémkoliv z těchto pěti
zdaňovacích období.“
[27] Možnost uplatnění daňové ztráty a jejího rozložení do následujících pěti daňových období
je určitým dobrodiním zákonodárce, které je však vyvážené zájmem správy daní na tom,
aby se výrazně prodloužila i možnost daňové kontroly ve vztahu ke zdaňovacímu období, v němž
byla daňová ztráta vykázána a ve vztahu ke zdaňovacím obdobím, ve kterých může být následně
uplatněna.
[28] Stěžovatelkou prosazovaný výklad by naopak vedl k tomu, že by daňová kontrola daně
z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013 zahájená v roce 2015 musela být
ukončena nejpozději do 25. 11. 2018, tedy před koncem lhůty stanoveným v §38 r zákona
o daních z příjmů. Jinými slovy by takový výklad vedl k jeho úplnému popření. Smyslem §38r
zákona o daních z příjmů je naopak vytvořit správci daně dostatečný čas pro zpětnou kontrolu
období, ve kterém daňová ztráta vznikla, jakož i zpětnou kontrolu splnění podmínek pro její
následné uplatnění.
[29] Nutno ovšem přiznat, že tomuto požadavku by neodpovídala ani představa městského
soudu, že u jedné daně vedle sebe běží paralelně dvě prekluzivní lhůty, a to podle §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů a podle §148 odst. 3 daňového řádu, a rozhodující je, která z nich
skončí později.
III.c Běh lhůt podle Nejvyššího správního soudu
[30] Pohledem své dosavadní judikatury tedy NSS konstatuje, že v úplnosti neobstojí ani
výklad městského soudu založený na paralelním běhu několika lhůt podle §148 odst. 1 až odst. 4
daňového řádu, ani výklad stěžovatelky založený na tom, že běh speciální lhůty podle §38r
odst. 2 zákona o daních z příjmů musí ustoupit běhu lhůty podle „ještě speciálnějšího“
ustanovení §148 odst. 3 daňového řádu, který však žádnou samostatnou prekluzivní lhůtu
pro vyměření daně nestanovuje.
[31] NSS je při posuzování sporné otázky veden snahou o vnitřně bezrozporný výklad všech
ustanovení, která na danou situaci dopadají, jakož i jasným vymezením lhůty pro stanovení daně
požadované v rozsudku č. j. 8 Afs 58/2019 - 48, jemuž by odporovala představa městského
soudu, že ve vztahu k témuž zdaňovacímu období běží souběžně ne jedna, ale několik lhůt podle
§148 odst. 1 až 4 daňového řádu a podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. V tomto smyslu
je proto nutno úvahy městského soudu korigovat.
[32] Z judikatury NSS jasně plyne, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů má povahu
zvláštního zákona, jemuž by svědčila aplikace výkladového pravidla lex specialis derogat legi generali.
Podle názoru NSS však není důvod toto výkladové pravidlo využít, neboť všechna aplikovaná
ustanovení obstojí vedle sebe, s tím, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je zvláštním
doplněním §148 daňového řádu, nikoli jeho úplným popřením. Uvedené ustanovení totiž
obsahuje pouze speciální pravidlo pro stanovení konce prekluzivní lhůty pro vyměření daně.
Ostatně i důvodová zpráva uvádí, že se navrhují lhůty pro vyměření daně, které výrazně
překračují platné lhůty (viz bod [25]).
[33] Počátek lhůty pro vyměření daně je stanoven v §148 odst. 1, věta druhá, daňového řádu:
Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo
v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení. V případě daně
z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013 tedy tato lhůta začala běžet 1. 4. 2014.
Protože stěžovatelka v uvedeném zdaňovacím období vykázala daňovou ztrátu, bude se konec
této lhůty řídit §38r zákona o daních z příjmů.
[34] Podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů lhůta pro vyměření jak pro zdaňovací období,
v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část
uplatnit, končí současně se lhůtou pro vyměření za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo
její část uplatnit. Tímto posledním zdaňovacím obdobím, kdy mohla stěžovatelka daňovou ztrátu
vzniklou v roce 2013 uplatnit, je na základě §34 odst. 1, věty první, zákona o daních z příjmů rok
2018. Lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013 tedy
začala běžet 1. 4. 2014, ale skončí současně se lhůtou pro vyměření za zdaňovací období roku
2018, tedy 1. 4. 2022. Jde tedy o lhůtu osmiletou, neboť začala běžet podle §148 odst. 1, věty
druhé, daňového řádu dne 1. 4. 2014, ale skončí podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů
až dne 1. 4. 2022. Výklad, který by umožnil správci daně vyměřit daňovou povinnost
za zdaňovací období roku 2013 nejdříve ve lhůtě odvíjející se od zdaňovacího období 2018
(počátek lhůty pro vyměření daně za zdaňovací období roku 2013 by se také řídil §38r odst. 2
uvedeného zákona), považuje NSS za absurdní. Prekluzivní lhůty pro vyměření daně
za zdaňovací období, ve kterých mohla být ztráta uplatněna, se ve smyslu §38r odst. 2 zákona
o daních z příjmů zkracují. Prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob
za zdaňovací období roku 2014 začala v případě stěžovatelky běžet dne 1. 4. 2015, ale skončí
taktéž 1. 4. 2022, současně se lhůtou pro vyměření za zdaňovací období roku 2018, a je tedy
sedmiletá, lhůta pro rok 2015 šestiletá, a tak dále až k poslednímu zdaňovacímu období roku
2018, kde se prekluzivní lhůta opět řídí §148 odst. 1 daňového řádu, a je tedy tříletá. Ke změně
běhu této lhůty by mohlo dojít v situacích podle §148 odst. 2 až 4 daňového řádu.
[35] I pokud k takovým situacím dojde (aplikace §148 odst. 2 až 4 daňového řádu), platí pro
vyměření daně maximální celková desetiletá lhůta stanovená v §148 odst. 5 daňového řádu.
Po uplynutí deseti let od počátku běhu lhůty již nelze její běh prodlužovat, přerušovat ani stavět,
její běh je u konce a není mechanismu, jak jej obnovit, s výjimkou specifických situací upravených
následně v odst. 6 a odst. 7. O ty však nyní nejde, a proto se k nim nebude NSS vyjadřovat.
Lze tedy konstatovat v souladu s §148 odst. 5 daňového řádu, že [l]hůta pro stanovení daně končí
nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1. Vzhledem k tomu, že tato lhůta začala
běžet dne 1. 4. 2014, skončí v souladu s pravidlem obsaženým v §33 odst. 1 daňového řádu,
nejpozději dne 1. 4. 2024. Toto datum je třeba vnímat jako nejzazší mez pro běh lhůty podle
§148 odst. 1 až 5 daňového řádu, a to i v kombinaci s §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů.
[36] Na výše zmíněnou osmiletou lhůtu určenou ve vztahu k roku 2013 kombinací §148 odst.
1 daňového řádu a §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů (a obdobně na sedmiletou lhůtu
vztahující se k roku 2014 a tak dále) dopadají také ustanovení §148 odst. 2 až 4 daňového řádu,
která upravují její prodloužení (odst. 2), přerušení (odst. 3) a stavění (odst. 4).
[37] Pro účely nyní posuzovaného případu postačuje rozebrat vliv možného přerušení
osmileté lhůty týkající se roku 2013. Podle §148 odst. 3 daňového řádu běží lhůta pro stanovení
daně znovu ode dne, kdy byla zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení
nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení. Pokud tedy byla ve vztahu
ke zdaňovacímu období roku 2013 zahájena dne 25. 11. 2015 daňová kontrola, prekluzivní lhůta
ve smyslu §148 odst. 1 a §38r zákona o daních z příjmů (tj. osmiletá lhůta) se dle §148
odst. 3 daňového řádu přerušila a pokračovala by v běhu znovu od učinění tohoto úkonu.
[38] Zároveň je však třeba připomenout, že důsledky takového přerušení běhu lhůty jsou
limitovány opakovaně zmíněnou objektivní desetiletou lhůtou podle §148 odst. 5 daňového
řádu, tedy v nyní posuzovaném případě dnem 1. 4. 2024.
[39] To se týká i důsledků stavění lhůty podle §148 odst. 4 daňového řádu, k němuž dochází
v situacích předpokládaných v jeho písmenech a) až d). I takto stavěná lhůta by ve vztahu k roku
2013 skončila nejpozději dnem 1. 4. 2024, protože deset let podle §148 odst. 5 daňového řádu
je nejzazší mez pro běh lhůt podle §148 odst. 1 až 4 daňového řádu.
[40] Navíc je třeba připomenout, že úkony podle §148 odst. 2 až 4 vyvolávají účinky pouze ve
vztahu k tomu období, k němuž se vztahují, nikoli ve vztahu ke všem obdobím provázaným
vykázáním daňové ztráty. Pokud by tak například v roce 2021 byla zahájena daňová kontrola
vztahující se pouze k roku 2018, který by byl posledním rokem pro uplatnění daňové ztráty
vykázané v roce 2013, vedlo by to podle §148 odst. 3 daňového řádu pouze k přerušení tříleté
lhůty ve vztahu k roku 2018, nikoli také delších lhůt vztahujících se ke zdaňovacím
obdobím let 2013 až 2017. Smyslem úkonů podle §148 odst. 2 a odst. 3 i situací podle odst. 4
je totiž umožnit dokončit řízení ve vztahu k tomu zdaňovacímu období, jehož se týkají,
nikoli ve vztahu ke všem obdobím, s nimiž je toto období provázáno na základě možnosti
uplatnit daňovou ztrátu; opačný výklad by fakticky vedl k řetězení odmítnutému v rozsudku
č. j. 8 Afs 58/2019 - 48.
[41] Lze tedy shrnout, že v případě daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku
2013 začala lhůta pro stanovení daně běžet podle §148 odst. 1, věty druhé, daňového řádu
dne 1. 4. 2014, ovšem skončí podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů až současně s tříletou
lhůtou pro vyměření daně za rok 2018 jako za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou
ztrátu nebo její část uplatnit, tedy dne 1. 4. 2022. Skutečnost, že dne 25. 11. 2015 byla
u stěžovatelky zahájena daňová kontrola za rok 2013, tedy povede k tomu, že od jejího zahájení
poběží znovu osmiletá prekluzivní lhůta, jejíž běh však skončí dne 25. 11. 2023.
III.d Zbývající argumentace účastníků řízení
[42] Stěžovatelka upozorňuje na hrozbu prodlužování daňové kontroly, která by do uplynutí
prekluzivní lhůty plynoucí z §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů mohla trvat až šest a půl roku.
K tomu je však třeba připomenout, že pokud by v daňové kontrole docházelo k průtahům
či pasivitě správce daně, což by se projevovalo i její celkovou délkou, je možno napadnout
zásahovou žalobou přímo tyto průtahy (viz rozsudek NSS ze dne 5. 2. 2015,
č. j. 9 Afs 279/2014 - 29, č. 3199/2015 Sb. NSS). Nelze však klást rovnítko mezi nezákonný
zásah spočívající v tom, že daňová kontrola pokračuje i po uplynutí lhůty pro vyměření
nebo doměření daně, a nezákonný zásah spočívající v tom, že v daňové kontrole dochází
k průtahům. Tím méně pak lze důvodnost zásahové žaloby z druhého důvodu založit čistě
na údajném naplnění prvého z uvedených důvodů.
[43] Kasační stížnost proto není důvodná a NSS ji zamítl.
[44] NSS se samostatně nezabýval polemikou žalovaného s názorem městského soudu
na „řetězení“ daňových ztrát. Městský soud se k této otázce vyjadřoval v bodech 32. až 39.
napadeného rozsudku, kde odmítl právní názor uvedený žalovaným ve vyjádření k žalobě. Je však
třeba podotknout, že tato argumentace městského soudu a nyní žalovaného ve vyjádření
ke kasační stížnosti může být relevantní pro posuzování běhu prekluzivní lhůty ve vztahu k dani
z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012 (a ke ztrátě vykázané stěžovatelkou
v roce 2009), nikoli však ve vztahu k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku
2013, které bylo kontrolováno daňovou kontrolou, jež je nyní předmětem soudního přezkumu.
Daňová kontrola na dani z příjmů za rok 2012 byla předmětem soudního přezkumu
v souvisejícím rozsudku městského soudu ze dne 16. 3. 2020, č. j. 11 A 50/2019 - 39, který je
nyní přezkoumáván NSS v řízení vedeném pod sp. zn. 4 Afs 101/2020. Navíc je třeba
připomenout, že rámec kasačního přezkumu prováděného NSS určuje stěžovatelka v kasační
stížnosti, nikoli žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti. Názor městského soudu kritizovaný
žalovaným v jeho vyjádření vůbec nebyl předmětem kasační stížnosti, a proto se NSS touto
polemikou s názorem městského soudu učiněným nad rámec posuzování nezákonného zásahu
v podobě daňové kontroly za rok 2013 nemůže zabývat.
[45] Ze stejného důvodu se nebude NSS vyjadřovat ani k rozhodnutí Odvolacího finančního
ředitelství ze dne 1. 6. 2020, č. j. 21074/20/5200-11431-711413, na něž stěžovatelka poukázala
v doplnění kasační stížnosti s upozorněním na to, jak zde Odvolací finanční ředitelství určilo běh
prekluzivní lhůty pro stanovení daně z příjmů právnických osob ve vztahu ke zdaňovacímu
období roku 2011. Toto období ani toto konkrétní rozhodnutí však nebylo předmětem
přezkumu v nynějším řízení, takže NSS nepřísluší vyjadřovat se k tomu, zda Odvolací finanční
ředitelství ve svém rozhodnutí určilo běh prekluzivní lhůty správně či nikoli.
IV. Závěr a náklady řízení
[46] Soud ze všech shora uvedených důvodů dospěl k závěru, že kasační stížnost není
důvodná, a proto ji zamítl (§110 odst. 1, věta druhá, s. ř. s.). O věci rozhodl bez jednání
postupem podle §109 odst. 2 s. ř. s., dle kterého o kasační stížnosti rozhoduje soud zpravidla
bez jednání.
[47] Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o §60 odst. 1 s. ř. s., ve spojení s §120 s. ř. s.
Stěžovatelka, která neměla ve věci úspěch, nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému
v řízení o kasační stížnosti nevznikly náklady nad rámec úřední činnosti.
Poučení: Proti tomuto rozsudku ne j so u opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 2. července 2020
JUDr. Radan Malík
předseda senátu