ECLI:CZ:NSS:2020:4.AFS.101.2020:41
sp. zn. 4 Afs 101/2020 - 41
ROZSUDEK
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Aleše Roztočila
a soudců JUDr. Jiřího Pally a Mgr. Petry Weissové v právní věci žalobkyně:
BOHEMIACHLAD spol. s r.o., IČO: 250 87 738, se sídlem Možného 794/15, Praha 6,
zast. doc. JUDr. Tomášem Gřivnou, Ph.D., advokátem, se sídlem Revoluční 1044/23, Praha 1,
proti žalovanému: Finanční úřad pro hlavní město Prahu, se sídlem Štěpánská 619/28,
Praha 1, o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem, v řízení o kasační stížnosti žalovaného
proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 16. 3. 2020, č. j. 11 A 50/2019 - 39,
takto:
Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 16. 3. 2020, č. j. 11 A 50/2019 – 39,
se z r ušuj e a věc se v rac í tomuto soudu k dalšímu řízení.
Odůvodnění:
I. Přehled dosavadního řízení
[1] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále též „správce daně“) zahájil dne 25. 11. 2015
u žalobkyně daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2012
a 2013. Dne 22. 3. 2019, tedy za trvání daňové kontroly, podala žalobkyně žalobu na ochranu
před nezákonným zásahem – pokračování v daňové kontrole daně z příjmů právnických
osob za rok 2012. Zásah spatřovala v tom, že daňová kontrola pokračovala i po 25. 11. 2018,
kdy uplynula tříletá prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací
období roku 2012, takže počínaje dnem 26. 11. 2018 již byla nezákonná.
Požadovala proto, aby městský soud přikázal žalovanému daňovou kontrolu ukončit.
Pokud by již byla před rozhodnutím městského soudu ukončena, navrhla žalobkyně,
aby byla deklarována nezákonnost daňové kontroly.
[2] Městský soud v Praze označeným rozsudkem zakázal žalovanému, aby pokračoval
v daňové kontrole daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012 u žalobkyně
zahájené protokolem z dne 25. 11. 2015, č. j. 7065927/15/2009-60561-109547, a přikázal mu,
aby daňovou kontrolu za uvedené zdaňovací období ukončil ve lhůtě jednoho měsíce od právní
moci rozsudku.
[3] Městský soud dospěl k závěru, že daňová kontrola žalobkyně za zdaňovací období roku
2012, pokud byla prováděna po 25. 11. 2018, je nezákonná, protože po tomto datu došlo
k uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně za toto období. Lhůta pro stanovení daně, která
je upravena v §38r odst. 2 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, představuje ve vztahu
k obecnému ustanovení §148 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, speciální právní
úpravu lhůty pro stanovení daně právě v případech, kdy došlo ke vzniku daňové ztráty, kterou
si daňový subjekt může podle §34 odst. 1 zákona o daních z příjmů odečíst v následujících
obdobích, a to nejdéle v pěti zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období,
za které se daňová ztráta vyměřuje. Nic nebrání tomu, aby bylo postupováno v dané věci také
podle obecné právní úpravy, uvedené v §148 odst. 3 daňového řádu, protože zvláštní právní
úprava o účinku zahájení daňové kontroly nic neobsahuje. To je ostatně i smyslem zvláštní
úpravy, upravovat odchylky od obecně platného s tím, že tam, kde zvláštní právní úprava
neexistuje, platí právní úprava obecná.
[4] V případě, kdy je zahájena daňová kontrola u daňového subjektu, který uplatnil daňovou
ztrátu, běží dvě lhůty pro stanovení daně, jednak „prodloužená“ lhůta podle obecné právní
úpravy, jednak lhůta podle zvláštní právní úpravy. Tyto lhůty mohou končit rozdílně, jedna lhůta
může uplynout v době, kdy druhá lhůta dosud běží. Při posouzení konce lhůty pro stanovení
daně v konkrétním případě je nutno respektovat zásadu priority aplikace zvláštní právní úpravy.
K tomu, aby došlo ke skutečnému „prodloužení“ lhůty pro stanovení daně podle §148 odst. 3
daňového řádu, musí tato „prodloužená“ lhůta podle tohoto ustanovení uplynout později,
než by uplynula lhůta pro stanovení daně podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. V daném
případě to znamená, že uplynula-li lhůta pro stanovení daně pro zdaňovací období roku 2012
podle zvláštní právní úpravy dne 31. 12. 2017 a platí pro lhůtu pro stanovení daně také obecná
právní úprava uvedená v §148 odst. 3 daňového řádu, podle níž uplyne lhůta pro stanovení daně
později (dne 25. 11. 2018), pak je nutno vycházet z toho, že lhůta pro stanovení daně končí
po uplynutí tří let od zahájení daňové kontroly, tedy dnem 25. 11. 2018.
[5] Soud se neztotožnil se stanoviskem žalobkyně, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů
představuje speciální úpravu, která se týká výlučně běhu lhůty před zahájením daňové kontroly.
Z žádného právního ustanovení nevyplývá, že by §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů mohlo
být aplikováno pouze před zahájením daňové kontroly, přičemž samotné zahájení kontroly
nemá vliv na běh lhůt podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. Pouze v případě „souběhu“
lhůt je nutno posoudit, jaká právní úprava bude aplikována.
[6] Z jazykového výkladu §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů vyplývá, že k prodloužení
lhůty pro stanovení daně dochází samostatně vždy k té které konkrétní daňové ztrátě, která
je uplatněna v určitém zdaňovacím období, respektive v určitém zdaňovacím období vznikla.
Tento jazykový výklad odpovídá i smyslu a účelu uvedeného právního ustanovení. Jestliže daňový
subjekt může uplatnit daňovou ztrátu v následujících pěti letech, navazujících na zdaňovací
období, ve kterém daňová ztráta vznikla, pak je logické, že po dobu uvedeného pětiletého období
lze akceptovat určitý časový prostor i pro finanční orgány, které pro stanovení daně pak mají
obecnou lhůtu, jejíž běh končí se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období
z uvedených pěti let. Neznamená to však, že se lhůta pro stanovení daně mohla prodlužovat
do nekonečna pouze proto, že je průběžně uplatňována daňová ztráta.
[7] Každá vzniklá daňová ztráta má svůj samostatný režim. V posuzovaném případě má tedy
svůj samostatný režim jak daňová ztráta, která vznikla v roce 2009, tak daňová ztráta, která
vznikla v roce 2013. Speciální pravidlo o zvláštní lhůtě pro stanovení daně se vždy uplatní
ve vztahu k jedné konkrétní daňové ztrátě. Správce daně tedy nemůže využívat vznik další
daňové ztráty ke kontrole těch období, která s nově vyměřenou daňovou ztrátou
už bezprostředně nesouvisí a která by, nebýt opětovně vykázané daňové ztráty, již kontrolovat
nemohl. Městský soud uzavřel, že výklad, který zaujal žalovaný, by ve svém důsledku mohl
znamenat, že by docházelo k opakovanému a nekončícímu prodlužování lhůt pro stanovení daně
v případech, pokud by daňový subjekt v období následujících pěti zdaňovacích období po vzniku
ztráty, uplatnil další novou daňovou ztrátu. Právní názor žalovaného o tak zvaném řetězení
daňových ztrát však z §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů nevyplývá.
II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalobkyně
[8] Proti tomuto rozsudku městského soudu podal žalovaný (dále též „stěžovatel”) kasační
stížnost. Namítl, že městský soud nesprávně posoudil otázku stanovení konce prekluzivní lhůty
k vyměření daně z příjmů právnických osob za rok 2012. Tato skutečnost pak vedla k mylnému
závěru městského soudu, že daňová kontrola za zdaňovací období roku 2012 ve vztahu k dani
z příjmů právnických osob prováděná u žalobkyně po 25. 11. 2018, je nezákonná. Městský soud
při počítání času nezohlednil §33 odst. 4 daňového řádu. Při počítání běhu prekluzivní lhůty
je v posuzovaném případě nutné zohlednit též §34 odst. 1 a §38r zákona o daních z příjmů,
neboť žalobkyně vykázala v daňových přiznáních k dani z příjmů právnických osob za roky 2009
a 2013 daňovou ztrátu. Jak správní soudy konstantně judikují, a jak potvrdil městský soud
v napadeném rozsudku, právě §38r zákona o daních z příjmů je, pokud jde o lhůtu pro stanovení
daně, speciálním vůči §148 daňového řádu. Stěžovatel v této věci odkázal na rozsudek NSS
ze dne 15. 4. 2016, č. j. 4 Afs 251/2015 – 74.
[9] Skutečnost, že žalobkyně vykázala v daňových přiznáních k dani z příjmů právnických
osob za roky 2009 a 2013 daňové ztráty, má dle stěžovatele zásadní vliv na určení konce lhůty
pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012. Daňové přiznání
k dani z příjmů právnických osob podané žalobkyní za zdaňovací období roku 2009
bylo vyměřeno konkludentně dne 31. 3. 2010. Počátek lhůty pro stanovení daně v návaznosti
na §47 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, a nález Ústavního soudu
ze dne 2. 12. 2008, sp. zn. I. ÚS 1611/07, připadl na 31. 12. 2009, konec lhůty pak připadl
na 31. 12. 2012. V předmětném daňovém přiznání však žalobkyně vykázala daňovou ztrátu,
kterou si v souladu s §34 odst. 1 zákona o daních z příjmů mohla odečíst od základu daně
v následujících pěti zdaňovacích obdobích, tj. v letech 2010, 2011, 2012, 2013 a 2014. Prekluzivní
lhůta vztahující se ke zdaňovacímu období, v němž daňová ztráta vznikla, končí současně
se lhůtou pro vyměření posledního zdaňovacího období, za které lze daňovou ztrátu uplatnit.
V daném případě se tudíž v návaznosti na §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů lhůta
pro stanovení daně z příjmů právnických osob za rok 2009 včetně všech následujících
zdaňovacích období, za která bylo možné daňovou ztrátu nebo její část uplatnit (tj. roky 2010
až 2014), prodloužila do 31. 12. 2017, resp. do 3. 4. 2018.
[10] Stěžovatel dále upozornil, že konečná lhůta pro vyměření daně z příjmů právnických osob
za výše uvedená zdaňovací období je ovlivněna skutečností, že žalobkyně vykázala další ztrátu
v daňovém přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013.
V případě, kdy je za některé ze zdaňovacích období, v nichž lze příslušnou vyměřenou ztrátu
uplatnit, opět vyměřena daňová ztráta, bude se lhůta pro stanovení daně „původního pátého“
zdaňovacího období dále řídit §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, resp. lhůtou pro stanovení
daně „dalšího pátého“ období. V posuzovaném případě tak obecná tříletá lhůta pro stanovení
daně ve smyslu §148 odst. 1 daňového řádu byla „narušena“ nejen daňovou ztrátou vykázanou
žalobkyní v daňovém přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2009,
nýbrž následně i daňovou ztrátou vykázanou za zdaňovací období roku 2013. Rok 2013
byl jednak zdaňovacím obdobím, kdy vznikla „druhá“ ztráta a současně čtvrtým zdaňovacím
obdobím, za které mohla být uplatněna „první“ ztráta vykázaná v daňovém přiznání k dani
z příjmů právnických osob za rok 2009. U zdaňovacích období 2013 a 2014 tak došlo
k překrývání dvou režimů. V důsledku skutečnosti, že žalobkyně uplatnila daňovou ztrátu za rok
2009 a následně za rok 2013, se lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2009,
a to včetně období roku 2010 až 2014, nově odvíjí od lhůty pro stanovení daně za zdaňovací
období roku 2018. Lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období
roku 2012 tedy skončí dne 1. 4. 2022.
[11] Stěžovatel nesouhlasil se závěrem městského soudu ohledně samostatnosti režimů
jednotlivých daňových ztrát. Zahájení daňové kontroly daně z příjmů právnických osob
za zdaňovací období roku 2012 dne 25. 11. 2015 neovlivnilo běh lhůty pro stanovení daně
za kontrolované období ve smyslu §148 odst. 3 daňového řádu, neboť daňová kontrola
nebyla zahájena za zdaňovací období 2018, které je posledním (tzv. rozhodujícím) pro určení
lhůty pro stanovení daně dle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů. K prodloužení lhůty
pro stanovení daně v daném případě došlo v důsledku uplatnění „druhé ztráty“.
[12] Žalobkyně ve vyjádření ke kasační stížnosti vyslovila souhlas se závěrem městského
soudu, že došlo k uběhnutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně z příjmů právnických osob
za zdaňovací období roku 2012. Souhlasila též s tím, že zahájení daňové kontroly pro daň
z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012 je právní skutečností, která v souladu
s §148 odst. 3 daňového řádu zahajuje běh nové prekluzivní lhůty pro stanovení daně.
Žalobkyně však nesouhlasila s tím, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je lex specialis k §148
odst. 3 daňového řádu, který má být lex generalis, a že obecnou i zvláštní právní
úpravu lze aplikovat současně. Upozornila na nález Ústavního soudu ze dne 28. 7. 2005,
sp. zn. III. ÚS 648/04, ze kterého vyplývá, že v situaci kdy jsou dvě právní úpravy v konfliktu,
a tudíž v takovém případě obě právní úpravy současně aplikovat nelze, má aplikační přednost
zvláštní právní úprava.
[13] Dále žalobkyně upozornila, že §38 odst. 2 zákona o daních z příjmů je lex specialis toliko
k §148 odst. 1 daňového řádu, ale není lex specialis i k §148 odst. 3 daňového řádu, který
se má v tomto případě aplikovat. Ustanovení §148 odst. 3 daňového řádu totiž upravuje účinky
zahájení daňové kontroly na běh prekluzivní lhůty, které §38r zákona o daních z příjmů vůbec
neupravuje. Mezi oběma právními úpravami tedy nevzniká žádný konflikt a je vyloučeno,
aby byly aplikovány současně dvě právní úpravy, a v důsledku toho běžely dvě různé prekluzivní
lhůty pro stanovení daně, neboť na danou věc dopadá jen jedna právní úprava, a to §148 odst. 3
daňového řádu. Běh dvou různých prekluzivních lhůt pro stanovení daně je nadto v rozporu
s §148 odst. 3 daňového řádu, který něco takového vůbec nepředpokládá. Zahájení daňové
kontroly v souladu s §148 odst. 3 daňového řádu přerušuje dosavadní běh prekluzivní lhůty
podle §148 odst. 1 daňového řádu nebo §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, které běží
před zahájením daňové kontroly, a začíná běžet nová prekluzivní lhůta pro stanovení daně.
[14] Žalobkyně poukázala, že právní názor stěžovatele je v rozporu s judikaturou Ústavního
soudu a Nejvyššího správního soudu, dle které je jedním z účelů a smyslů prekluzivní lhůty
stimulovat správce daně k včasnému výkonu jeho práv a povinností, zamezit průtahům v řízení,
nastolit právní jistotu a současně zamezit vedení dokazování o skutečnostech, k nimž postupně
v důsledku běhu času mizí důkazy či důkazní prostředky. Podotkla, že nikterak nebrojí proti §38r
odst. 2 zákona o daních z příjmů, který stanoví, že prekluzivní lhůta pro stanovení daně všech
šesti zdaňovacích období, ve kterých daňový subjekt uplatnil daňovou ztrátu, končí současně
s prekluzivní lhůtou stanovenou pro poslední zdaňovací období, za které bylo možné daňovou
ztrátu nebo její část uplatnit. Jestliže se správce daně rozhodne zahájit daňovou kontrolu
jen jednoho zdaňovacího období, pak u tohoto zdaňovacího období začne běžet samostatně
lhůta pro stanovení daně podle §148 odst. 3 daňového řádu.
[15] Městský soud dospěl ke správnému závěru, že zahájením daňové kontroly daně z příjmů
právnických osob za zdaňovací období roku 2012 započala běžet nová tříletá prekluzivní lhůta
pro stanovení daně podle §148 odst. 3 daňového řádu. Prekluzivní lhůta však počala běžet
26. 11. 2015, tudíž je závěr soudu ohledně počátku běhu lhůty dne 25. 11. 2015 nepřesný.
Žalobkyně dále poznamenala, že se plně ztotožňuje se závěrem městského soudu ohledně
samostatnosti režimů jednotlivých daňových ztrát. Doplnila, že tento závěr potvrzuje
též skutečnost, že pro každé zdaňovací období, v němž byla daňovému subjektu vyměřena
daňová ztráta, lze zahájit daňovou kontrolu samostatně. Závěrem žalobkyně poukázala
na rozsudek NSS ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019 - 48, ve kterém Nejvyšší správní soud
odmítl, že by §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů umožňoval tzv. řetězení daňových ztrát,
na základě kterého by bylo možné prodloužit běh prekluzivní lhůty pro stanovení daně.
III. Posouzení kasační stížnosti
[16] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil zákonné náležitosti kasační stížnosti
a konstatoval, že kasační stížnost byla podána včas, osobou oprávněnou, proti rozhodnutí,
proti němuž je kasační stížnost ve smyslu §102 s. ř. s. přípustná, a za stěžovatele v souladu
s §105 odst. 2 s. ř. s. jedná zaměstnanec s vysokoškolským právnickým vzděláním.
Poté Nejvyšší správní soud přezkoumal důvodnost kasační stížnosti v souladu s ustanovením
§109 odst. 3 a 4 s. ř. s., v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů. Neshledal přitom vady
podle §109 odst. 4 s. ř. s., k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti.
[17] Kasační stížnost je důvodná.
[18] Nejvyšší správní soud předně uvádí, že již rozhodoval ve skutkově podobné
věci mezi týmiž účastníky řízení, přičemž závěry vyslovené v rozsudku ze dne 2. 7. 2020,
č. j. 9 Afs 81/2020 – 40, považuje zdejší soud za aplikovatelné též na nyní posuzovanou věc
s těmito závěry souhlasí a v odůvodnění tohoto rozsudku z nich vychází.
[19] S judikaturou NSS je souladné obecné východisko městského soudu, že daňová kontrola
zahájená či pokračující po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně může představovat
nezákonný zásah. NSS například v rozsudku ze dne ze dne 12. 9. 2018, č. j. 1 Afs 79/2018 - 29,
č. 3807/2018 Sb. NSS, konstatoval, že „provádění daňové kontroly do okamžiku prekludování daňové
povinnosti bylo v souladu se zákonem a v jeho mezích; daňová kontrola probíhala ohledně daňové povinnosti,
která stále ještě mohla být změněna. Až následně – pokračováním daňové kontroly i po prekluzi daňové
povinnosti – správce daně svým jednáním vykročil ze zákonných mantinelů, neboť prováděl daňovou kontrolu,
aniž by přitom mohlo dojít ke změně daňové povinnosti. Od tohoto okamžiku tak správce daně zasahoval
do právní sféry stěžovatele, aniž by k tomu měl zákonný podklad. Až od tohoto okamžiku prováděl daňovou
kontrolu v rozporu se zákonem“.
[20] Pro posouzení možného vzniku nezákonného zásahu ze strany stěžovatele je tedy klíčové
nalézt odpověď na otázku, zda v daném případě prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů
právnických osob za zdaňovací období roku 2012 uplynula již dne 25. 11. 2018, jak konstatoval
městský soud.
[21] Podle §148 odst. 1 daňového řádu platí: Daň nelze stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně,
která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného
daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové
tvrzení.
[22] Podle §148 odst. 3 daňového řádu: Byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena
daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží
lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.
[23] Podle §148 odst. 5 daňového řádu: Lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let
od jejího počátku podle odstavce 1.
[24] Podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů: Lze-li uplatnit daňovou ztrátu nebo její část
ve zdaňovacích obdobích následujících po zdaňovacím období, v němž daňová ztráta vznikla, jako položku
odčitatelnou od základu daně, lhůta pro vyměření jak pro zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla,
tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně
se lhůtou pro vyměření za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo její část uplatnit.
[25] Podle §34 odst. 1, věty první, zákona o daních z příjmů: Od základu daně lze odečíst daňovou
ztrátu, která vznikla a byla vyměřena za předchozí zdaňovací období nebo jeho část, a to nejdéle v 5 zdaňovacích
obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta vyměřuje.
[26] Stěžovatel předně namítal, že městský soud nesprávně posoudil otázku stanovení konce
prekluzivní lhůty k vyměření daně z příjmů právnických osob za rok 2012, když dospěl k závěru,
že daňová kontrola prováděná stěžovatelem po 25. 11. 2018 je nezákonná. Městský soud
dle stěžovatele nezohlednil §33 odst. 4 daňového řádu ani speciální právní úpravu dle §34
odst. 1 a §38r zákona o daních z příjmů.
[27] Nejvyšší správní soud se vztahem §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů k §148
daňového řádu opakovaně zabýval a shledal, že obsahuje speciální právní úpravu lhůty
pro stanovení daně v případě možnosti uplatnění daňové ztráty. Podle konstantní judikatury
se jedná o lex specialis k obecné právní úpravě prekluzivní lhůty pro stanovení daně
(viz např. rozsudky NSS ze dne 31. 8. 2004, č. j. 5 Afs 28/2003 - 69, č. 438/2005 Sb. NSS,
ze dne 24. 2. 2012, č. j. 5 Afs 66/2011 - 109, či ze dne 9. 9. 2019, č. j. 7 Afs 134/2019 - 20).
Z hlediska počítání lhůty pro doměření daně za zdaňovací období, ve kterém byla vyměřena
daňová ztráta, není rozhodné, zdali daňový subjekt daňovou ztrátu zcela nebo zčásti
v následujících zdaňovacích obdobích skutečně uplatní, nýbrž to, že tak podle zákona učinit
může (rozsudek NSS ze dne 15. 4. 2016, č. j. 4 Afs 251/2015 - 74).
[28] Smyslem obecného a zvláštního stanovení prekluzivních lhůt při vykazování daňové
ztráty se NSS zabýval v rozsudku ze dne 13. 5. 2020, č. j. 8 Afs 58/2019 - 48. V něm odmítl
koncepci tzv. „řetězení“ lhůt v případě uplatnění daňové ztráty a v jeho bodě [23] připomněl,
že „smyslem jasného stanovení lhůty pro stanovení daně a jejího prekluzivního charakteru je jednak zajištění
právní jistoty jak na straně daňových subjektů, tak na straně správce daně, ale zároveň i vytvoření stimulu
pro včasné uspořádání právních vztahů obou stran. Zároveň tato lhůta představuje určitou bariéru pro eventuální
svévolné zásahy do právní sféry daňových subjektů, ke kterým by při její absenci mohlo docházet. Obě strany
by měly mít objektivně daný a jednoznačně definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádávat
právní vztahy plynoucí z daňových povinností. Délka tohoto časového prostoru by pak měla být vyvážená
tak, aby zohledňovala komplikovanost a náročnost dané materie, ale zároveň nepředstavovala nedůvodný
zásah do právní jistoty zúčastněných stran, které v této souvislosti stíhá povinnost prokazovat
svá tvrzení (srov. např. též závěry usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 10. 2007,
čj. 9 Afs 86/2007-161, č. 1542/2008 Sb. NSS).“
[29] Zdejší soud souhlasí se stěžovatelem, že městský soud nesprávně posoudil otázku
stanovení konce prekluzivní lhůty k vyměření daně z příjmů právnických osob za rok 2012.
Městský soud totiž dospěl k závěru, že v případě, kdy je zahájena daňová kontrola u daňového
subjektu, který uplatnil daňovou ztrátu, běží dvě lhůty pro stanovení daně, jednak prodloužená
lhůta podle obecné právní úpravy (§148 odst. 3 daňového řádu), jednak lhůta podle zvláštní
právní úpravy (§38r odst. 2 zákona o daních z příjmů). Výklad založený na paralelním běhu
několika lhůt dle §148 odst. 1 až 4 daňového řádu a §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů
však byl odmítnut výše citovaným rozsudkem č. j. 9 Afs 81/2020 – 40. Nejvyšší správní soud
v tomto rozsudku konstatoval, že §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů má povahu zvláštního
zákona, jemuž by svědčila aplikace výkladového pravidla lex specialis derogat legi generali. Podle
názoru Nejvyššího správního soudu však není důvod toto výkladové pravidlo využít,
neboť všechna aplikovaná ustanovení obstojí vedle sebe, s tím, že §38r odst. 2 zákona o daních
z příjmů je zvláštním doplněním §148 daňového řádu, nikoli jeho úplným popřením. Uvedené
ustanovení totiž obsahuje pouze speciální pravidlo pro stanovení konce prekluzivní lhůty
pro vyměření daně. Ostatně i důvodová zpráva k vložení nového §38r do zákona o daních
z příjmů uvádí, že se navrhují lhůty pro vyměření daně, které výrazně překračují platné lhůty.
[30] Počátek lhůty pro vyměření daně je stanoven v §148 odst. 1 větě druhé daňového řádu,
dle kterého lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového
tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení.
V případě daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012 tedy tato lhůta začala
běžet 2. 4. 2013 (1. 4. 2013 bylo velikonoční pondělí). Protože žalobkyně v roce 2009 vykázala
daňovou ztrátu, bude se konec lhůty pro stanovení daně z příjmů právnických osob za rok 2012
řídit §38r zákona o daních z příjmů.
[31] Podle §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů lhůta pro vyměření jak pro zdaňovací období,
v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část
uplatnit, končí současně se lhůtou pro vyměření za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu
nebo její část uplatnit. Tímto posledním zdaňovacím obdobím, kdy mohla žalobkyně daňovou ztrátu
vzniklou v roce 2009 uplatnit, je na základě §34 odst. 1 věty první zákona o daních z příjmů rok
2014. Lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2012
tedy začala běžet 2. 4. 2013, ale skončí současně se lhůtou pro vyměření za zdaňovací období
roku 2014, tedy 1. 4. 2018. Jde tedy o lhůtu pětiletou (bez jednoho dne), neboť začala běžet
podle §148 odst. 1 věty druhé daňového řádu dne 2. 4. 2013, ale měla skončit podle §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů až dne 1. 4. 2018. Prekluzivní lhůty pro vyměření daně za zdaňovací
období, ve kterých mohla být ztráta uplatněna, se ve smyslu §38r odst. 2 zákona o daních
z příjmů postupně zkracují. Prekluzivní lhůta pro stanovení daně z příjmů právnických osob
za zdaňovací období roku 2010 začala v případě žalobkyně běžet dne 1. 4. 2011, ale skončí
taktéž 1. 4. 2018, současně se lhůtou pro vyměření za zdaňovací období roku 2014,
a je tedy sedmiletá, lhůta pro rok 2011 je šestiletá, a tak dále až k poslednímu zdaňovacímu
období roku 2014, kde se konec prekluzivní lhůty opět řídí §148 odst. 1 daňového řádu,
a ta je tedy tříletá. Ke změně běhu této lhůty by mohlo dojít v situacích podle §148 odst. 2 až 4
daňového řádu.
[32] I pokud k takovým situacím dojde (aplikace §148 odst. 2 až 4 daňového řádu), platí
pro vyměření daně maximální celková desetiletá lhůta stanovená v §148 odst. 5 daňového řádu.
Po uplynutí deseti let od počátku běhu lhůty již nelze její běh prodlužovat, přerušovat ani stavět,
její běh je u konce a není mechanismu, jak jej obnovit, s výjimkou specifických situací upravených
následně v odst. 6 a odst. 7. O ty však nyní nejde, a proto se k nim nebude zdejší soud vyjadřovat.
Lze tedy konstatovat v souladu s §148 odst. 5 daňového řádu, že [l]hůta pro stanovení daně končí
nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1. Vzhledem k tomu, že tato lhůta začala
pro zdaňovací období roku 2012 běžet dne 2. 4. 2013, skončí v souladu s pravidlem obsaženým
v §33 odst. 1 daňového řádu, nejpozději dne 2. 4. 2023. Toto datum je třeba vnímat jako nejzazší
mez pro běh lhůty podle §148 odst. 1 až 5 daňového řádu, a to i v kombinaci s §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů.
[33] Na výše zmíněnou pětiletou lhůtu určenou ve vztahu k roku 2012 kombinací §148
odst. 1 daňového řádu a §38r odst. 2 zákona o daních z příjmů (a obdobně na čtyřletou lhůtu
vztahující se k roku 2013 a tak dále) dopadají také ustanovení §148 odst. 2 až 4 daňového řádu,
která upravují její prodloužení (odst. 2), přerušení (odst. 3) a stavění (odst. 4).
[34] Pro účely nyní posuzovaného případu postačuje rozebrat vliv možného přerušení pětileté
lhůty týkající se roku 2012. Podle §148 odst. 3 daňového řádu běží lhůta pro stanovení daně
znovu ode dne, kdy byla zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena
výzva k podání řádného daňového tvrzení. Pokud tedy byla ve vztahu ke zdaňovacímu období
roku 2012 zahájena dne 25. 11. 2015 daňová kontrola, prekluzivní lhůta ve smyslu §148 odst. 1
a §38r zákona o daních z příjmů (tj. pětiletá lhůta) se dle §148 odst. 3 daňového řádu přerušila
a pokračovala by v běhu znovu od učinění tohoto úkonu.
[35] Současně zdejší soud připomíná, že důsledky přerušení běhu lhůty jsou limitovány výše
zmíněnou objektivní lhůtou podle §148 odst. 5 daňového řádu, tedy v nyní posuzovaném
případě dnem 2. 4. 2023. To se týká též důsledků přerušení lhůty z důvodu zahájení daňové
kontroly dle §148 odst. 3 daňového řádu.
[36] Vzhledem k výše uvedenému má Nejvyšší správní soud za to, že v případě daně z příjmů
právnických osob za zdaňovací období roku 2012 začala lhůta pro stanovení daně běžet
podle §148 odst. 1 věty druhé daňového řádu dne 2. 4. 2013, ovšem skončí podle §38r odst. 2
zákona o daních z příjmů až současně s tříletou lhůtou pro vyměření daně za rok 2014
jako za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo její část uplatnit,
tedy dne 1. 4. 2018. Skutečnost, že byla dne 25. 11. 2015 u žalobkyně zahájena daňová kontrola
za rok 2012 však vede k tomu, že od jejího zahájení běží znovu pětiletá (bez jednoho dne)
prekluzivní lhůta, jejíž běh skončí dne 24. 11. 2020.
[37] Městský soud tedy skutečně dospěl k chybnému závěru, že daňová kontrola žalobkyně
za zdaňovací období roku 2012 ve vztahu k dani z příjmů právnických osob, která je prováděna
po 25. 11. 2018, je nezákonná. V tomto smyslu dává zdejší soud za pravdu stěžovateli,
že probíhající daňová kontrola za rok 2012 zahájená dne 25. 11. 2015 u žalobkyně nepředstavuje
nezákonný zásah, přičemž nejzazší možný termín ukončení daňové kontroly (pro zachování její
zákonnosti) je 24. 11. 2020, kdy uplyne lhůta pro stanovení daně za rok 2012, jak je předestřeno
výše.
[38] Vzhledem k výše uvedeným závěrům se Nejvyšší správní soud neztotožňuje
s argumentací stěžovatele, že je konečná lhůta pro vyměření daně z příjmů právnických osob
za rok 2012 (jakož i předcházející a následující roky, kdy mohla být uplatněna daňová ztráta
vzniklá v roce 2009) ovlivněna skutečností vykázání další daňové ztráty žalobkyní za zdaňovací
období roku 2013. Koncepce řetězení daňových ztrát byla odmítnuta judikaturou
Nejvyššího správního soudu, přičemž ve výše citovaném rozsudku ze dne 13. 5. 2020,
č. j. 8 Afs 58/2019 – 48, zdejší soud dospěl k závěru, že „[p]ři vzniku daňové ztráty je pro běh lhůty
pro stanovení daně rozhodné zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, a poslední zdaňovací období,
za které ji bylo možné uplatnit jako položku odčitatelnou od základu daně (§34 ve spojení §38r odst. 2
zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů). Vznikne-li daňovému subjektu v průběhu zdaňovacích období,
během nichž lze uplatnit daňovou ztrátu jako položku odčitatelnou od základu daně, další daňová ztráta,
nedochází k tzv. řetězení ztrát a tato skutečnost nemá za následek prodloužení lhůty pro stanovení daně
za zdaňovací období, v němž vznikla daňová ztráta poprvé“ (podtržení doplněno).
[39] Městský soud tedy dospěl ke správnému závěru, že každá daňová ztráta má svůj
samostatný režim. V tomto smyslu je nesprávná argumentace stěžovatele, která je postavena
na řetězení daňových ztrát vzniklých v letech 2009 a 2013 a od nich se odvíjejících lhůt
pro stanovení daně z příjmů právnických osob. Nejvyšší správní soud v souladu se svojí
judikaturou, jakož i závěry městského soudu opakovaně zdůrazňuje, že správce daně
nemůže využívat vznik další daňové ztráty ke kontrole těch období, která s nově vyměřenou
daňovou ztrátou nesouvisí, a která podléhají samostatnému režimu v rámci předchozí uplatněné
daňové ztráty.
[40] Nejvyšší správní soud podotýká, že ačkoli městský soud dospěl ke správnému závěru
ohledně samostatnosti daňových ztrát, tato skutečnost nemá vliv na jeho pochybení
představované paralelním uplatněním lhůt dle §148 odst. 3 daňového řádu a §38r odst. 2 zákona
o daních z příjmů, následnému nesprávnému určení lhůty pro stanovení daně z příjmů
právnických osob za rok 2012 a deklarování nezákonnosti daňové kontroly vedené správcem
daně u žalobkyně po datu 25. 11. 2018. Je tedy na městském soudu, aby uvedená pochybení
v dalším řízení napravil.
IV. Závěr a rozhodnutí o nákladech řízení
[41] Nejvyšší správní soud shledal kasační stížnost důvodnou. Rozsudek městského soudu
podle §110 odst. 1 věty prvé s. ř. s. zrušil a věc mu vrátil k dalšímu řízení. V něm bude městský
soud vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku (§110 odst. 4 s. ř. s.).
[42] Městský soud v novém rozhodnutí rozhodne též o náhradě nákladů řízení o kasační
stížnosti (§110 odst. 3 věta první s. ř. s.).
Poučení: Proti tomuto rozsudku ne j so u opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 17. července 2020
Mgr. Aleš Roztočil
předseda senátu