ECLI:CZ:NSS:2021:7.AFS.411.2019:54
sp. zn. 7 Afs 411/2019 - 54
ROZSUDEK
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Davida Hipšra a soudců
Mgr. Lenky Krupičkové a JUDr. Tomáše Foltase v právní věci žalobkyně: LUX spol. s r. o.,
se sídlem Mlýnská 701, Jablonné nad Orlicí, zastoupena Mgr. Petrem Halbrštátem, se sídlem
Korunní 1302/88, Praha 10, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem
Masarykova 427/31, Brno, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu
v Hradci Králové – pobočka v Pardubicích ze dne 9. 10. 2019, č. j. 52 Af 28/2018 - 117,
takto:
I. Rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové – pobočka v Pardubicích ze dne
9. 10. 2019, č. j. 52 Af 28/2018 - 117, se z r ušuj e .
II. Rozhodnutí žalovaného ze dne 15. 5. 2018, č. j. 21853/18/5200-11435-711926,
se z r ušuj e a věc se v rac í žalovanému k dalšímu řízení.
III. Žalovaný je po v i ne n zaplatit žalobkyni na náhradě nákladů řízení o žalobě
a řízení o kasační stížnosti celkem 34 039 Kč do 15 dnů od právní moci tohoto rozsudku,
k rukám zástupce žalobkyně Mgr. Petra Halbrštáta, advokáta.
Odůvodnění:
I.
[1] Finanční úřad pro Pardubický kraj, územní pracoviště v Žamberku (dále též „správce
daně“) doměřil žalobkyni po provedené daňové kontrole čtyřmi samostatnými rozhodnutími
ze dne 6. 3. 2017 daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2011 až 2014 a uložil jí
povinnost uhradit penále. Správce daně vyloučil ze základu daně žalobkyně odčitatelnou položku
dle §34 odst. 4 až 6 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném do 31. 12. 2013
(dále též „ZDP 2013“), resp. §34a až 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění
účinném do 31. 12. 2014 (dále též „ZDP 2014“). Dle jeho posouzení neobsahovaly projekty
výzkumu a vývoje předložené žalobkyní zákonem stanovené náležitosti.
[2] Žalobkyně brojila proti rozhodnutím správce daně odvoláním, které žalovaný zamítl
rozhodnutím ze dne 15. 5. 2018, č. j. 21853/18/5200-11435-711926.
II.
[3] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu u Krajského soudu v Hradci
Králové - pobočka v Pardubicích (dále též „krajský soud“), který ji zamítl. Konstatoval, že projekt
výzkumu a vývoje má být předem připravený prospektivní dokument, který byl vypracován před
zahájením projektu. Za jeho součást tedy není možné považovat listiny, které vznikly později,
v době trvání projektu. Správní orgány proto nepochybily tím, že za projekt výzkumu a vývoje
považovaly pouze listiny označené jako „krycí list vývojového úkolu“, resp. „projekt výzkumu a vývoje“
(dále též „krycí listy“). Žalobkyně evidentně nezpracovala řádné projekty výzkumu a vývoje,
které splňují zákonné náležitosti před zahájením řešení projektů, což krajský soud demonstroval
na několika příkladech. Nebylo přitom povinností správce daně dostavit se do sídla žalobkyně
k převzetí dokumentů, jelikož ta netvrdila žádnou okolnost, jež by jí bránila doručit potřebné
doklady správci daně. Žalovaný řádně odůvodnil, proč se ztotožnil se závěry správce daně a proč
neprovedl žalobkyní navrhované důkazní prostředky. Správní orgány rovněž podrobně vysvětlily
svůj závěr o nesplnění formálních požadavků u jednotlivých projektů výzkumu a vývoje. S jejich
posouzením se krajský soud ztotožnil. I podle něj žalobkyně v jednotlivých projektech neuvedla
datum jejich zahájení a ukončení. V řadě projektů pak neodpovídá neúplně stanovené období
předpokládané době řešení projektu. V projektech nebyl dostatečně konkrétně vymezen ani jejich
cíl, který by byl vyhodnotitelný, odlišitelný od běžné podnikatelské či inovační činnosti
i od současného stavu poznání. Povětšinou žalobkyně uvedla jen vágní a nekonkrétní označení
zakázky, kterou měla zhotovit pro zákazníka. Požadavek na uvedení jména a příjmení osob
zaštiťujících řešení projektu žalobkyně naplnila plně pouze u projektů č. 33, 45, 46 a 47. Přestože
toto pochybení nelze považovat za zásadní a samo o sobě by pro závěr o absenci formálních
náležitostí nepostačovalo, ve spojení s ostatními nedostatky ilustruje rozsah jejich nesplnění.
Žalobkyně nedostála ani požadavkům na uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení
projektů a dosažených výsledků a na schválení projektů oprávněnou osobou před jejich
zahájením. Nelze přitom souhlasit s tím, že by správní orgány postupovaly formalisticky. Tyto
požadavky vyplývají ze zákona. Uvedl-li pak správce daně v protokolu o místním šetření, které
předcházelo zahájení daňové kontroly, že všechny projekty byly zpracovány v souladu se zněním
zákona o daních z příjmů, nelze z této věty vyvozovat potvrzení, že všechny projekty splnily
veškeré náležitosti předepsané zákonem. Jedná se spíše o konstatování, že žalobkyně postupuje
podle právního předpisu upravujícího danou problematiku. Správce daně při místním šetření
zjevně zjišťoval jen základní informace o fungování její výroby a neposuzoval, zda jí skutečně
vznikl nárok na odčitatelnou položku v uplatněné výši. I pokud by však správce daně při místním
šetření skutečně uznal bezchybnost projektů, nemohl by tento (nesprávný) názor založit legitimní
očekávání žalobkyně, že nebude přehodnocen. Jelikož projekty výzkumu a vývoje nesplňovaly
zákonné náležitosti, nebylo třeba se zabývat jejich věcnou stránkou. Pro posouzení věci nemá vliv
ani právní úprava účinná od 1. 4. 2019. Nepoužitelné jsou rovněž závěry rozsudku Nejvyššího
správního soudu ze dne 29. 11. 2013, č. j. 2 Afs 24/2012 - 34, neboť se týkají realizace projektu
v době, kdy nebyla zavedena povinnost vypracovat projekt v požadovaných parametrech.
Důvodná není ani námitka poukazující na systém odměňování pracovníků finanční správy.
Žalobkyně netvrdila, k jakému zkrácení jejích práv mělo na jeho základě dojít. Námitka týkající se
výkladu pojmu „začátek řešení projektu výzkumu a vývoje“ byla uplatněna až po uplynutí lhůty
pro podání žaloby a nejedná se ani o rozvinutí žalobního bodu. Proto se jí krajský soud
nezabýval.
[4] Krajský soud rovněž souhlasil se závěrem žalovaného o neuznatelnosti nákladů u zakázky
č. 211079, které žalobkyně vykázala po předání stroje zákazníkovi. Jednalo se o součástky,
bez nichž by daný stroj nemohl při předání fungovat (např. servomotory, převodovky, ventily,
řídící vedení, ovladače motoru aj.). To je obecně známou skutečností, pro kterou nebylo potřeba
znalecký posudek. Argumentaci žalobkyně o nezbytnosti činit poslední vývojové kroky
u zákazníka nelze proto považovat za důvodnou. Tyto náklady podle soudu vznikaly na základě
dodatečných požadavků zákazníka, nikoliv v souvislosti se zprovozňováním stroje.
III.
[5] Žalobkyně (dále též „stěžovatelka“) podala proti rozsudku krajského soudu kasační
stížnost z důvodů uvedených v §103 odst. 1 písm. a), b) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního
řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále též „s. ř. s.“). Krajský soud podle ní nesprávně
posoudil žalobní námitku, že k realizaci odpočtu nákladů projektů výzkumu a vývoje přistoupila
na základě předchozího prohlášení správce daně, že všechny projekty byly zpracovány v souladu
se zněním zákona o daních z příjmů, které je uvedeno v protokolu o místním šetření ze dne
1. 12. 2013. Toto prohlášení nelze dle stěžovatelky interpretovat jako jakýsi odkaz na zákon
o daních z příjmů. Není rozhodné, co přesně správce daně tímto prohlášením zamýšlel, ale jaké
důvodné očekávání mohlo ve stěžovatelce vzbudit. Na základě tohoto prohlášení se stěžovatelka
mohla legitimně spoléhat na to, že všechny projekty jsou řádné. Krajský soud však vyložil obsah
prohlášení zcela účelově a nevypořádal se se všemi argumenty stěžovatelky. Nadto správce daně
při daňové kontrole vycházel pouze z krycích listů projektů, které při místním šetření považoval
za dostatečné, a odmítl zohlednit doplněnou celkovou dokumentaci projektů. Správce daně měl
přitom při místním šetření dostatek času na prověření projektů a byl si vědom toho, že tyto se
neskládají pouze z krycích listů. Zcela bez reakce pak krajský soud ponechal námitku, že protokol
je veřejnou listinou, u níž se presumuje správnost obsahu.
[6] Dále krajský soud nesprávně označil jako opožděnou námitku stěžovatelky, že žalovaný
nevymezil pojem „začátek řešení projektu výzkumu a vývoje“. Jednalo se o rozvedení včas uplatněného
žalobního bodu. I v případě opožděnosti byl však krajský soud povinen tuto námitku vypořádat,
resp. sám měl tento pojem definovat, neboť podle jeho rozsudku ve věci sp. zn. 52 Af 18/2016
činí přesné nestanovení tohoto okamžiku rozsudek nepřezkoumatelným. Krajský soud se dále
nijak nevypořádal s námitkou, že bylo namístě posoudit věcnou stránku projektů, neboť splnění
formálních náležitostí žalovaný posoudil pouze u některých z nich.
[7] Stěžovatelka rovněž namítla vady řízení před správními orgány. Konkrétně poukázala
na nedostatečně zjištěný skutkový stav. Správní orgány se totiž nezabývaly naplněním zákonných
náležitostí u všech jednotlivých projektů, přestože vyloučily odpočet na výzkum a vývoj v plném
rozsahu. Krajský soud pak potvrdil závěry správních orgánů, které nejsou řádně podloženy.
Ani on přitom nezkoumal všechny zákonné náležitosti projektů na základě kompletní
dokumentace. Bez bližšího zdůvodnění se zabýval pouze několika dílčími formálními náležitostmi
u několika namátkově vybraných projektů. Závěr o absenci formálních náležitostí však vztáhl
na všechny. Stěžovatelka označila také konkrétní pochybení krajského soudu v jím provedeném
hodnocení splnění zákonných náležitostí projektů. Mimo jiné mu vytkla, že posuzoval odborné
otázky, aniž by nechal vypracovat znalecký posudek. Dále krajský soud nesprávně aproboval
závěr žalovaného, že zápisy z valné hromady stěžovatelky, kterými byly projekty výzkumu
a vývoje schváleny, byly vadné a účelově doplněné. Podle ní nemá tento závěr oporu ve spise a je
vyvozen z nesprávných domněnek, resp. z chybného výkladu náležitostí projektu výzkumu
a vývoje. Ve spise nemá oporu ani závěr správních orgánů, že stroj předaný odběrateli v rámci
zakázky č. 211079 nemohl fungovat bez označených součástek. Krajský soud jej však
bez jakéhokoliv dokazování odbornými posudky převzal. Nejedná se přitom o obecně známou
skutečnost. Daný stroj byl součástí výrobní linky, označené součástky tedy nemusel obsahovat.
Nesprávný je rovněž závěr, že tato zakázka byla chybně účetně vykázána. Stěžovatelka správci
daně vysvětlila průběh dodávek včetně nezbytnosti provést poslední vývojové kroky u zákazníka.
Tento byl přitom s postupem vykazování nedokončené výroby u stěžovatelky srozuměn. Další
vada řízení dle stěžovatelky spočívala v tom, že ji správce daně před zahájením daňové kontroly
nevyzval k podání dodatečného daňového přiznání v souladu s §145 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu (dále též „daňový řád“). Údajné vady v projektech výzkumu a vývoje totiž
musel správce daně zjistit již při místních šetřeních. Při těchto měl k dispozici veškeré nezbytné
dokumenty, na jejichž základě zahájil daňovou kontrolu. Tato vada má za následek nezákonnost
předepsaného penále, což měl krajský soud zohlednit ex offo. V závěru stěžovatelka vyslovila
pochybnosti o nestrannosti postupu správních orgánů při doměření daně s ohledem
na skutečnost, že úřední osoby byly motivovány odměnami odvíjejícími se od výše doměřené
daně. Krajský soud podle ní pochybil, pokud se odmítl touto námitkou blíže zabývat a nevyžádal
si od žalovaného příslušné dokumenty týkající se odměňování s odkazem na to, že stěžovatelka
netvrdila ani neprokázala zkrácení svých práv.
[8] Stěžovatelka navrhla, aby Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu a vrátil
mu věc k dalšímu řízení, případně aby zrušil též rozhodnutí žalovaného.
IV.
[9] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti odkázal na své rozhodnutí a vyjádření k žalobě,
neboť stěžovatelka podle jeho názoru uplatnila v kasační stížnosti stejnou argumentaci. Doplnil,
že námitka týkající se absence výkladu pojmu „začátek řešení projektů výzkumu a vývoje“ byla skutečně
uplatněna opožděně. Krajský soud se jí tedy správně nezabýval. Nadto stěžovatelka pomíjí,
že se této otázce zevrubně věnovala zpráva o daňové kontrole, kterou žalovaný i krajský soud
aprobovali. Námitkou týkající se materiální stránky projektů se krajský soud s ohledem na závěr
o nesplnění formálních náležitostí projektů zabýval dostatečně. Správně vyhodnotil též námitku
týkající se legitimního očekávání stěžovatelky, které mělo být založeno prohlášením správce daně
v protokolu o místním šetření. Stěžovatelka zcela přehlíží jeho argumentaci o podstatě místního
šetření, které slouží toliko k vyhledávání důkazních prostředků, nikoliv k jejich hodnocení.
Sporné větě tudíž nelze přikládat význam, jež jí dává stěžovatelka. Nadto krajský soud vysvětlil,
proč nesprávné vyjádření správce daně nemohlo založit legitimní očekávání stěžovatelky. Na tom
nic nemění, že protokol je veřejnou listinou. Žalovaný rovněž odmítl, že by došlo k vadám řízení
označeným stěžovatelkou. Zpráva o daňové kontrole se zevrubně věnovala všem jednotlivým
projektům výzkumu a vývoje, přičemž žalovaný i krajský soud její závěry aprobovali. Nebylo
účelné opakovat její závěry v rozsudku. S ohledem na rozpory ve vyjádření stěžovatelky krajský
soud dále správně vyhodnotil námitky týkající se zakázky č. 211079 za účelové. Porušení §145
odst. 2 daňového řádu pak stěžovatelka uplatnila poprvé až v kasační stížnosti, ač jí nic nebránilo
uplatnit ji již v žalobě. Nadto před zahájením daňové kontroly nemohl správce daně důvodně
předpokládat doměření daně. Dle žalovaného se krajský soud nedopustil ani namítané vady řízení
tím, že neprovedl důkazy ohledně podjatosti. Stěžovatelka neoznačila žádné konkrétní důvody,
pro které by bylo možné shledat podjatost úředních osob. Žalovaný upozornil na to, že vážné
nedostatky projektů výzkumu a vývoje detekoval správce daně ještě před vydáním dokumentu,
který se zabýval odměňováním zaměstnanců finanční správy. Podjatost pak nelze spatřovat pouze
v tom, že byla doměřena daň odchylně od tvrzení daňového subjektu. S ohledem na uvedené
žalovaný navrhl, aby Nejvyšší správní soud kasační stížnost zamítl.
V.
[10] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných
důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout
z úřední povinnosti (§109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).
[11] Kasační stížnost je důvodná.
[12] Nejvyšší správní soud předesílá, že se věcně nemohl zabývat kasační námitkou uvedenou
v bodě E kasační stížnosti. V ní stěžovatelka dovozovala, že jí bylo penále předepsáno v rozporu
se zákonem, neboť nebyla před zahájením daňové kontroly vyzvána k podání dodatečného
daňového přiznání dle §145 odst. 2 daňového řádu. Tuto námitku stěžovatelka uplatnila poprvé
až v kasační stížnosti. Podle konstantní judikatury „ustanovení §104 odst. 4 s. ř. s. in fine brání tomu,
aby stěžovatel v kasační stížnosti uplatňoval jiné právní důvody, než které uplatnil v řízení před soudem, jehož
rozhodnutí má být přezkoumáváno, ač tak učinit mohl; takové námitky jsou nepřípustné. Ustanovení §109
odst. 4 s. ř. s. naproti tomu brání tomu, aby se poté, co bylo vydáno přezkoumávané rozhodnutí, uplatňovaly
skutkové novoty. K takto uplatněným novým skutečnostem kasační soud při svém rozhodování nepřihlíží“
(viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 9. 2004, č. j. 1 Azs 34/2004 - 49). Jak již
Nejvyšší správní soud konstatoval rovněž např. v rozsudku ze dne 25. 9. 2008,
č. j. 8 Afs 48/2006 - 155, ustanovení §104 odst. 4 s. ř. s. představuje zavedení koncentračního
principu do řízení před Nejvyšším správním soudem. Připuštění uplatnění skutkových a právních
novot v řízení před Nejvyšším správním soudem by fakticky vedlo k popření kasačního principu,
na němž je řízení o tomto mimořádném opravném prostředku vystavěno (srov. též rozsudek
Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 3. 2012, č. j. 4 Azs 1/2011 - 89). S ohledem na uvedenou
judikaturu se tedy jedná o námitku nepřípustnou.
[13] Není pak pravdou, že krajský soud byl povinen přihlížet k takto vymezené vadě řízení
s případným vlivem na zákonnost uloženého penále ex offo. Odkaz stěžovatelky na rozsudek
Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 2. 2016, č. j. 6 Afs 15/2015 - 31, není případný. Uvedený
rozsudek zjednodušeně řečeno konstatoval, že soud je povinen zabývat se v souladu s čl. 40
odst. 6 Listiny základních práv a svobod v případě penále ex offo otázkou, zda není nová právní
úprava co do výše sankce mírnější. Neučiní-li tak, je jeho rozsudek nepřezkoumatelný
pro nedostatek důvodů. Uvedeným rozsudkem však nedošlo k nějakému absolutnímu prolomení
dispoziční zásady (viz §75 odst. 2 s. ř. s.) ve vztahu k rozhodnutím, jimiž je ukládáno penále.
Důvody, k nimž je soud výjimečně povinen nad rámec žalobních bodů přihlédnout z úřední
povinnosti, které dovodila judikatura, nelze extenzivně rozšiřovat tak, že by soud měl sám
posuzovat jakékoliv další skutkové a právní důvody nezákonnosti napadeného rozhodnutí,
aniž by je žalobce řádně a včas označil (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 18. 2. 2020,
č. j. 10 As 156/2018 - 110). K případné vadě řízení by tak byl krajský soud povinen přihlédnout
ex offo pouze tehdy, pokud by byly splněny podmínky pro postup podle §76 odst. 1 s. ř. s.
Krajskému soudu by tedy muselo být již ze správního spisu či z napadeného rozhodnutí
dostatečně zřejmé, že procesní postup či rozhodnutí jsou natolik vadné, že rozhodnutí musí být
zrušeno. Ani k takové úvaze ovšem není krajský soud oprávněn bez ohledu na žalobní námitky.
Ustanovení §76 odst. 1 s. ř. s. totiž není výjimkou z dispoziční zásady. Soud tedy nepřihlíží
k vadám podle §76 odst. 1 s. ř. s. z moci úřední vždy, ale jen za určitých podmínek. Ty vymezil
rozšířený senát v usnesení ze dne 8. 3. 2011, č. j. 7 Azs 79/2009 - 84, jako „případy, kdy rozhodnutí
vůbec není schopno přezkumu z hlediska žalobních námitek. Tato vadnost a nemožnost podrobit rozhodnutí
zkoumání musí být zjevná buď ze spisu (či z jeho absence), nebo z rozhodnutí samého, pokud bude postrádat
srozumitelnost či důvody v takové míře, že vylučuje zkoumání důvodnosti žaloby, anebo ji soud sezná na základě
jiných rozhodných skutečností, jež se dostanou do jeho sféry. Směřují-li tedy žalobní námitky proti vadám
podřaditelným ustanovení §76 odst. 1 s. ř. s., soud podle tohoto ustanovení rozhodnutí zruší bez jednání.
V takovém případě není projednání třeba a je nadbytečné zjišťovat souhlas účastníků s rozhodnutím bez jednání.
Nesměřují-li však žalobní námitky proti takovým objektivně existujícím vadám, může tak soud učinit, pouze
pokud vady brání přezkumu v mezích žalobních bodů, jinak by dispoziční zásada ztrácela smysl.“
V projednávané věci přitom nenastala situace, kdy by stěžovatelkou opožděně označená vada
v postupu správce daně (absence výzvy podle §145 odst. 2 daňového řádu) způsobovala
nemožnost přezkumu rozhodnutí žalovaného v mezích žalobních bodů. Pokud by krajský soud
přesto nad rámec uplatněných žalobních námitek posuzoval zákonnost postupu správce daně,
nerespektoval by zásadu dispoziční. Právě tím by se dopustil vady řízení ve smyslu §103 odst. 1
písm. d) s. ř. s.
[14] Nejvyšší správní soud neshledal pochybení krajského soudu ani v tom, že se nezabýval
námitkou týkající se výkladu pojmu „začátek řešení projektu výzkumu a vývoje“, resp. že tento pojem
sám nevyložil.
[15] Správní soudnictví je založeno mimo jiné na zásadě koncentrace řízení. Žalobu je tak
třeba podat v zákonem stanovené lhůtě (§72 s. ř. s.), přičemž pouze v této lhůtě ji může žalobce
rozšířit na dosud nenapadené výroky rozhodnutí nebo ji rozšířit o další žalobní body (§71 odst. 2
s. ř. s.); zmeškání lhůty pro podání žaloby nelze prominout (§72 odst. 4 s. ř. s.). Krajský soud je
pak povinen se zabývat výhradně námitkami, které jsou v řízení o žalobě řádně a včas uplatněny
(s výjimkou skutečností, ke kterým přihlíží ex offo), přičemž při přezkoumávání rozhodnutí je
vázán rozsahem napadení, jak je žalobce ve své žalobě vymezí, a (nejde-li o rozhodnutí nicotné,
kdy je oprávněn nicotnost deklarovat i bez návrhu) přezkoumá jen ty výroky rozhodnutí, které
byly žalobou napadeny, a v souladu s §75 odst. 2 s. ř. s. jen v mezích žalobních bodů (k tomu
blíže viz rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 12. 2004, č. j. 1 Afs 25/2004 - 69,
ze dne 12. 1. 2005, č. j. 7 Azs 329/2004 - 48, ze dne 25. 5. 2006 č. j. 2 Afs 154/2005 - 245, nebo
ze dne 3. 9. 2008, č. j. 1 Afs 102/2008 - 39).
[16] Námitku, že se žalovaný nevypořádal s výkladem pojmu „začátek řešení projektu výzkumu
a vývoje“, stěžovatelka v žalobě skutečně neuplatnila. Nelze přitom přisvědčit jejímu tvrzení,
že se jedná o rozvinutí žalobního bodu č. 7, v němž vytýkala žalovanému nesprávné posouzení
formálních náležitostí projektů. Zde se zřetelně zaměřila pouze na zpochybnění závěru správních
orgánů, nakolik přesně lze v projektu výzkumu a vývoje vymezit datum jeho zahájení a ukončení
a jejich závěru, že usnesení valné hromady schvalující jednotlivé projekty byla zřejmě účelově
doplněna. Vyjasnění otázky, co se rozumí zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje, nadto není
pro posuzovanou věc zásadní. Správní orgány totiž nevyloučily nárok stěžovatelky
na odčitatelnou položku proto, že projekty výzkumu a vývoje byly vypracovány zpětně po vlastní
realizaci prací (jako tomu bylo ve věci posuzované krajským soudem pod sp. zn. 52 Af 18/2016
a v navazujícím rozsudku kasačního soudu ze dne 28. 6. 2018, č. j. 5 Afs 209/2017 - 44),
ale proto, že předložené projekty nesplňovaly formální náležitosti vymezené zákonem, respektive
že v nich uváděné údaje neodpovídaly zjištěným skutečnostem (rozpory mezi pořadovými čísly
zakázek a projektů, mezi daty schválení projektů a tvrzenými daty jejich zahájení, apod.). Jinými
slovy, spor nebyl veden o to, zda byly projekty výzkumu a vývoje vypracovány včas, ale zda byly
vypracovány řádně a obsahují údaje odpovídající skutečnosti. S ohledem na absenci příslušné
(včasné) žalobní námitky a irelevanci otázky včasnosti projektů pro posouzení věci tedy neměl
krajský soud důvod věnovat se této otázce podrobně.
[17] Stěžovatelka dále spatřuje vadu řízení, resp. nepřezkoumatelnost rozsudku krajského
soudu ve smyslu §103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. v nedostatečném zdůvodnění závěru, že žalovaný
nebyl povinen se zabývat věcnou stránkou projektů výzkumu a vývoje, tedy tím, zda projekty
materiálně splňovaly požadavky kladené na výzkum či vývoj. Krajský soud však k této otázce
zcela srozumitelně uvedl, že nesplňovaly-li projekty formální náležitosti stanovené zákonem, bylo
nadbytečné zabývat se jejich materiální stránkou. Tento závěr je logický, vnitřně konzistentní
a konvenuje rovněž konstantní judikatuře (viz např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne
26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014 - 56, a ze dne 27. 4. 2017, č. j. 7 Afs 261/2016 - 20).
[18] Do okruhu působnosti §103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. spadá rovněž závěrečná námitka
stěžovatelky, v níž krajskému soudu vytýká neprovedení navržených důkazních prostředků
ve věci cílových odměn pracovníků finanční správy. Ani v tomto bodě však neshledal Nejvyšší
správní soud pochybení v postupu krajského soudu. Jakkoliv lze se stěžovatelkou souhlasit,
že mechanismus odměn byl tímto dokumentem nastaven zcela nevhodně, z jeho prosté existence
nelze dovozovat podjatost všech úředních osob v jakémkoliv daňovém řízení. Takový závěr
z rozsudku tohoto soudu ze dne 14. 11. 2019, č. j. 1 Afs 363/2018 - 113, skutečně neplyne. Sama
stěžovatelka nebyla schopna před krajským soudem specifikovat souvislost mezi „motivačním“
dokumentem Generálního finančního ředitelství ze dne 19. 2. 2016 a průběhem daňového řízení
v její věci. V kasační stížnosti dovozuje pochybnosti o nestrannosti z toho, že správce daně
odmítl uznat odpočet na výzkum a vývoj na základě jí předložených projektů, přestože jiné jeho
úřední osoby v protokolu o místním šetření ze dne 1. 12. 2013 v popisu průběhu jednání uvedly,
že: „Všechny projekty byly zpracovány v souladu se zněním zákona o daních z příjmů.“ Daňová kontrola
však byla v posuzované věci zahájena dne 4. 6. 2015 (pro rok 2011) a dne 5. 10. 2015 (pro roky
2012 až 2014). Od svého rozšíření na roky 2012 až 2014 byla zaměřena v podstatě pouze
na projekty výzkumu a vývoje (viz protokol ze dne 5. 10. 2015 a výzva správce daně ze dne
21. 10. 2015), přičemž již ve výzvě ze dne 10. 12. 2015 správce daně poukázal na konkrétní
nedostatky předložených projektů. Za těchto okolností mají úvahy o vlivu odměňování
na činnost úředních osob v posuzované věci spíše spekulativní charakter. Ostatně sama
stěžovatelka v kasační stížnosti vyslovuje obavy o porušení zásady rovnosti daňových subjektů
toliko v obecné rovině. Krajský soud tedy nijak nepochybil tím, že neprovedl dokazování
„motivačním“ dokumentem.
[19] Nejvyšší správní soud neshledal ani žádnou jinou vadu řízení podřaditelnou pod §103
odst. 1 písm. d) s. ř. s. V této souvislosti je třeba dodat, že povinnost soudu posoudit všechny
žalobní námitky neznamená, že byl krajský soud povinen reagovat na každou dílčí argumentaci
uplatněnou stěžovatelkou a tu obsáhle vyvrátit; jeho úkolem bylo uchopit obsah a smysl žalobní
argumentace a vypořádat se s ní (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 5. 2009,
č. j. 9 Afs 70/2008 - 130). V tomto ohledu napadený rozsudek krajského soudu plně obstojí.
[20] Stěžovatelka dále namítala vady správního řízení spočívající zejména v nedostatečném
zjištění skutkového stavu. Tuto námitku shledal Nejvyšší správní soud zčásti důvodnou,
a to ve vztahu k vyloučení nákladů u zakázky č. 211079, které stěžovatelka vykázala po datu
22. 9. 2011.
[21] Mezi stranami není sporné, že dne 22. 9. 2011 instalovala stěžovatelka předmětný stroj
(zařízení pro osazování EJB - Engine Junction Box) u svého zákazníka a že po tomto datu
na danou zakázku vykazovala další náklady na materiál i zaměstnance. Správní orgány dospěly
k závěru, že tyto náklady již s danou zakázkou nesouvisely a vyloučily je z daňově uznatelných
nákladů. Poukázaly zejména na to, že stroj byl předán včetně proškolení personálu zákazníka,
konečná faktura za stroj byla uhrazena v listopadu 2011 a bez součástek vykázaných po datu
předání by nemohl bez problémů fungovat.
[22] Skutkový závěr správních orgánů však nemá oporu v důkazech založených ve správním
spise. Stěžovatelkou doložené podklady a její vysvětlení totiž naopak podporují jí předestřenou
skutkovou verzi, že práce na zakázce nebyly ukončeny instalací stroje u zákazníka dne 22. 9. 2011,
jak uzavřely správní orgány, ale pokračovaly v prostorech zákazníka i po tomto datu. Krom
plausibilního vysvětlení a výpisů nákladů na zakázku a odpracovaných hodin stěžovatelka
předložila zprávu o výsledku obchodního jednání ze dne 15. 12. 2011, podle níž stroj nevyhověl
v parametrech jako výkon, zmetkovitost a čas cyklu. Dle zprávy bylo dohodnuto odstranění
těchto nedostatků, resp. doplnění stroje do 23. 12. 2011. Dále se ve správním spise nachází
dokument „Soubor povinností“ ze dne 29. 3. 2011, který byl uzavřen mezi stěžovatelkou a jejím
zákazníkem, jenž obsahuje krom technických specifikací rovněž přejímací podmínky a kritéria.
Podle bodu 3. 8. 3. obě smluvní strany předpokládaly zkušební provoz v závodě zákazníka
probíhající za součinnosti stěžovatelky jakožto zhotovitele. Stěžovatelkou předložený průvodní
list vývojového úkolu pak odkazuje na přílohu 9 ze dne 29. 2. 2012 (jedná se o e-mail
od zákazníka), v níž jsou označeny nedostatky na stroji „po 1 měsíci provozu“. Rovněž je zde
uvedena ručně psaná poznámka, že: „Projekt byl prodloužen z důvodu konstr. změn do 1/2012.“
Pokračování konstrukčních prací na stroji do ledna 2012 koresponduje rovněž zjištění
žalovaného, že poslední náklady na zakázku byly vykázány právě v lednu 2012. Uvedené
podklady tedy svědčí o tom, že vlastní konstrukční práce na daném stroji probíhaly u zákazníka
i po datu 22. 9. 2011, které správní orgány vzaly bez dalšího za rozhodný den ukončení zakázky.
Nadto stěžovatelka od počátku předkládala poměrně plausibilní vysvětlení, proč náklady
na zakázku vznikají i poté, kdy je stroj instalován u zákazníka, a proč k tomuto datu nedochází
k ukončení zakázky. Vysvětlila, že předmětem dodání je jednoúčelový stroj, který není možné
vyzkoušet a řádně vyvinout jeho plnou funkčnost ve výrobních prostorech stěžovatelky,
a to z důvodu potřeby napojení na ostatní technologie a zařízení zákazníka. S tímto průběhem
prací obě strany dle vysvětlení stěžovatelky předem počítaly (což dokládá dokument „Soubor
povinností“) a rezerva na dané práce byla kalkulována v konečné ceně stroje. Předložené podklady
jsou s vylíčeným průběhem událostí v souladu.
[23] Nejvyšší správní soud se plně ztotožňuje se stěžovatelkou, že jí předloženou skutkovou
verzi bez dalšího nevyvrací prosté zjištění, jaký typ součástek byl na zakázce vykazován po datu
22. 9. 2011. Nelze totiž bez řádného ověření technické konstrukce stroje předjímat, že tento typ
součástek ve stroji při jeho instalaci u zákazníka zcela absentoval, resp. že bez konkrétních
součástek vykázaných po 22. 9. 2011 nebyl po instalaci u zákazníka vůbec provozuschopný. Lze
si totiž představit i takové vysvětlení, že dané součástky pouze doplňovaly či nahrazovaly původní
součástky v souvislosti s úpravami prováděnými na stroji po jeho instalaci. Není však úkolem
správních orgánů či soudů spekulovat, do jaké míry byl stroj po instalaci u zákazníka funkční.
Technický stav stroje při jeho instalaci u zákazníka dne 22. 9. 2011 je totiž skutkovou otázkou,
kterou je třeba zjistit řádným dokazováním. Rozhodně ji nelze považovat za obecně známou
skutečnost, jak uvedl krajský soud. Dokazování této skutečnosti však správní orgány neprovedly,
přestože stěžovatelka navrhovala např. výslech J. S. (odpovědný pracovník zákazníka). Navíc se
správní orgány předloženými podklady nezabývaly v jejich celistvosti, ale selektivně vybíraly
pouze ty skutečnosti, které podpořily jejich skutkový závěr, že k ukončení zakázky došlo
předáním stroje zákazníkovi již dne 22. 9. 2011, pročež nelze považovat následně vykázané
náklady jako náklady související s touto zakázkou. Ze stěžovatelkou předložených vysvětlení
a podkladů však plyne, že toto datum je pouze okamžikem instalace stroje u zákazníka, nikoliv
nutně dokončením celé zakázky. Na tom nic nemění její vyjádření v odpovědi na výzvu ze dne
10. 12. 2015, že „Uplatňování nákladů na úkoly i po plánovaném ukončení projektu je způsobeno dodatečnými
požadavky našich zákazníků, kteří i po předání výrobků vyžadovali jejich dodatečné úpravy, které jsme museli
dovyvinout.“ Uvedeným vyjádřením reagovala na dotaz správce daně ohledně existence reklamací,
a to zcela obecně, nikoliv konkrétně k zakázce č. 211079. Dále nelze odhlédnout od toho,
že stěžovatelka ve vyjádření hovoří o uplatňování nákladů po „plánovaném ukončení projektu“,
nikoliv po instalaci stroje u zákazníka. Jak přitom vyplývá z jejích dalších vyjádření (a podkladů
k zakázce č. 211079), tyto dva okamžiky nelze ztotožňovat.
[24] Skutkový závěr správních orgánů ve věci zakázky č. 211079 tedy nemá oporu ve spise,
resp. správní orgány nedisponovaly takovými skutkovými zjištěními, která by průběh událostí
doložený stěžovatelkou zcela zpochybnila či dokonce vyvrátila. Krajský soud pochybil tím,
že skutkové závěry správních orgánů nekriticky převzal, neboť měl pro tuto důvodně vytýkanou
vadu napadené rozhodnutí žalovaného zrušit. Jelikož tak neučinil, je naplněn kasační důvod
podle §103 odst. 1 písm. b) s. ř. s.
[25] Vada řízení ve smyslu §103 odst. 1 písm. b) s. ř. s. je sama o sobě důvodem pro postup
podle §110 odst. 2 písm. a) s. ř. s. (zrušení rozsudku krajského soudu i rozhodnutí žalovaného
a vrácení věci žalovanému k dalšímu řízení). Tato skutečnost však nebrání Nejvyššímu správnímu
soudu, aby se vypořádal s kasačními námitkami směřujícími proti těm částem odůvodnění
napadeného rozsudku, které nejsou zatíženy touto vadou.
[26] To se týká námitek souvisejících s odčitatelnou položkou na výzkum a vývoj.
[27] Sporná je v posuzovaném případě otázka, zda stěžovatelka vypracovala projekty výzkumu
a vývoje v souladu se zákonem o daních z příjmů, resp. zda jí předložené projekty měly zákonem
předepsané formální náležitosti.
[28] Podle §34 odst. 5 zákona o daních z příjmů 2013 platí, že [p]rojektem výzkumu a vývoje,
na jehož realizaci může být uplatněn odpočet podle odstavce 4, se rozumí písemný dokument, ve kterém poplatník
před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji a který obsahuje
zejména základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou obchodní firma nebo název poplatníka, jeho
sídlo a identifikační číslo, bylo-li přiděleno, popřípadě jméno a příjmení poplatníka, je-li poplatník fyzickou
osobou, místo jeho trvalého pobytu a místo podnikání, dobu řešení projektu (datum zahájení a datum ukončení
řešení projektu), cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,
předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech
řešení projektu, jména a příjmení osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich
kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu
a dosažených výsledků, datum, místo, jméno a příjmení oprávněné osoby, která projekt schválila před zahájením
jeho řešení; oprávněnou osobou se rozumí poplatník, je-li fyzickou osobou, nebo osoba vykonávající funkci
statutárního orgánu poplatníka anebo osoba, která je členem statutárního orgánu poplatníka. Ustanovení §34c
zákona o daních z příjmů 2014 vymezuje projekt výzkumu a vývoje obdobně.
[29] Stěžovatelka se primárně odvolává na to, že správce daně při místním šetření provedeném
dne 1. 12. 2013 (tj. rok a půl před zahájením daňové kontroly) podle jejího názoru potvrdil,
že projekty výzkumu a vývoje byly řádně zpracovány. Vycházel přitom v podstatě pouze
z krycích listů, ačkoliv mu byla předložena úplná dokumentace. Tímto prohlášením ji správce
daně ujistil o řádnosti jednotlivých projektů na výzkum a vývoj a založil její dobrou víru
při uplatňování odčitatelné položky. Svůj postoj však bez vysvětlení při daňové kontrole změnil,
aniž by stěžovatelce umožnil na tuto změnu reagovat.
[30] Z protokolu ze dne 1. 12. 2013 plyne, že správce daně zahájil u stěžovatelky místní šetření
v 9:55 hodin a ukončil ve 14:30. Místní šetření bylo dle popisu zaměřeno na ověření odčitatelné
položky dle §34 odst. 4 zákona o daních z příjmů 2013 za roky 2011 a 2012. V souvislém vylíčení
průběhu jednání je uvedeno: „Daňový subjekt uplatnil v roce 2011 odpočet podle §34 odst. 4 zákona
o daních příjmů ve výši (…) Kč. K tomu předložil 7 projektů výzkumu a vývoje, kde vyčíslil celkové náklady
na výzkum a vývoj ve výši (…) Kč. Všechny projekty byly zpracovány v souladu se zněním zákona o daních
z příjmů.“ Dále je v protokolu vyjmenováno 7 projektů za rok 2011 a 1 nový projekt za rok 2012
(zbývajících 5 projektů pokračovalo z roku 2011). Při daňové kontrole správce daně kontroloval
celkem 15 projektů, u nichž stěžovatelka za rok 2011 uplatnila odpočet a 1 nový projekt za rok
2012. U všech projektů posuzoval krycí listy ve spojení s průvodními listy vývojového úkolu
a konstatoval, že v nich nejsou obsaženy zákonem předepsané náležitosti, respektive
po porovnání s ostatními předloženými doklady a vyjádřeními stěžovatelky zpochybnil v nich
uváděná data.
[31] Nejvyšší správní soud se shoduje s posouzením krajského soudu, že vyjádření správce
daně o zpracování projektů v souladu se zákonem o daních z příjmů v protokolu o místním
šetření má s ohledem na kontext skutečně spíše faktografický než hodnotící charakter. Jedná se
ostatně o součást souvislého vylíčení průběhu jednání, které zachycuje poznatky správce daně
učiněné při místním šetření. Vůbec z něj neplyne, které dokumenty správce daně zkoumal. Nelze
z něj proto činit závěr, zda správce daně podrobně zkoumal v celistvosti jednotlivé projekty
výzkumu a vývoje a už vůbec ne, zda provedl kvalifikované hodnocení, že na podkladě
předložených materiálů lze uplatnit odčitatelnou položku. Nelze dost dobře uvěřit ani tomu,
že stěžovatelku toto vyjádření vedlo k realizaci odpočtů na výzkum a vývoj, a to již jen proto,
že předmětem jednání bylo ověření již uplatněné odčitatelné položky. Správci daně byly zjevně
předloženy projekty, u nichž stěžovatelka odčitatelnou položku v letech 2011 a 2012 již uplatnila
(jednání proběhlo na konci roku 2013). Nadto se týkalo pouze části projektů, u nichž byla
v těchto letech odčitatelná položka uplatněna (8 z 16). Nutno dodat, že správní orgán je vázán
pouze správní praxí související s výkladem a aplikací právních předpisů, nikoliv se zjišťováním
skutkového stavu konkrétní věci (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu
ze dne 21. 7. 2009, č. j. 6 Ads 88/2006 - 132, č. 1915/2009 Sb. NSS). I kdyby tedy správce daně
na základě povšechné kontroly dokladů v rámci místního šetření vyslovil, že projekty jsou
zpracovány v souladu se zákonem, nelze uzavřít, že by tím byl pro futuro vázán jako správní praxí
a nebyl oprávněn prověřit stěžovatelkou tvrzené skutkové okolnosti cestou daňové kontroly
(srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 16. 3. 2015, č. j. 8 Afs 12/2014 - 101).
Stěžovatelka tedy obsah protokolu o místním šetření přeceňuje co do významu i účinků v něm
uvedeného popisu průběhu jednání.
[32] Ze zprávy o daňové kontrole nadto vyplývá, že správce daně po provedení dalších
důkazních prostředků shromážděných v průběhu daňové kontroly zpochybnil údaje uvedené
v krycích listech. Při posuzování krycích listů tedy vycházel z širšího penza skutkových poznatků.
Správce daně přitom stěžovatelku nejpozději při sdělení výsledku kontrolního zjištění řádně
seznámil se svými pochybnostmi ohledně údajů zaznamenaných v krycích listech. Bylo tedy
zřejmé, že se stěžovatelka nemůže spoléhat na sdělení uvedené v protokolu ze dne 1. 12. 2013,
ale že je namístě na zjištění správce daně popsaná ve výsledku kontrolního zjištění reagovat,
k čemuž jí byl poskytnut dostatečný prostor. „Přehodnocení“ postoje správce daně
k dostatečnosti krycích listů jakožto projektů výzkumu a vývoje ovšem bylo zřejmé již v průběhu
daňové kontroly. Správce daně stěžovatelku postupně opakovaně vyzýval k předložení dokladů,
na které krycí listy přímo odkazovaly (průvodní listy), resp. na které dále odkazovaly tyto doklady
(přílohy průvodních listů). Pokud sama stěžovatelka v krycích listech odkazovala na další doklady
či přílohy, není Nejvyššímu správnímu soudu zřejmý její podiv nad tím, že se správce daně
nespokojil s krycími listy, ale požadoval veškeré zmiňované listiny a tyto podrobil hodnocení.
[33] Námitka stěžovatelky, že správce daně měl při místním šetření dostatek času na prověření
a zkontrolování odčitatelné položky a že k tomuto hodnocení nabízela další součinnost, pomíjí
zcela podstatu místního šetření. Podle §78 odst. 1 daňového řádu má správce daně v rámci
vyhledávací činnosti „pouze“ vyhledávat důkazní prostředky a daňové subjekty a zjišťovat plnění
povinností při správě daně. Má se jednat o prosté zjišťování podkladových informací,
tj. mapování terénu (viz rozsudek tohoto soudu ze dne 27. 7. 2005, č. j. 1 Afs 70/2004 - 80,
č. 937/2006 Sb. NSS). Jakékoliv úkony přesahující rámec místního šetření má pak správce daně
provádět v rámci daňové kontroly jako institutu sloužícího ke komplexnímu ověřování daňové
povinnosti (či její části, srov. rozsudek tohoto soudu ze dne 2. 7. 2020, č. j. 7 Afs 390/2019 - 44),
tvrzení daňového subjektu nebo jiných okolností rozhodných pro správné zjištění a stanovení
daně (§85 odst. 1 daňového řádu). Správce daně tedy není oprávněn v rámci místního šetření
provádět takové úkony, kterými je již prověřována vlastní daňová povinnost poplatníka, včetně
hodnocení důkazních prostředků. Takovým postupem by překračoval meze místního šetření.
K vlastnímu prověřování daňové povinnosti je určena daňová kontrola, při níž jsou daňovým
subjektům garantována určitá práva (srov. §85 až 88 daňového řádu). Vyhledávací činnost takto
přísný právní rámec nemá (srov. rozsudek ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017 - 36).
[34] Krajský soud tedy dospěl ke správnému závěru, že na zákonnost dodatečných platebních
výměrů nemá vliv skutečnost, že správce daně v protokolu ze dne 1. 12. 2013 uvedl, že: „Všechny
projekty byly zpracovány v souladu se zněním zákona o daních z příjmů.“ S žalobní argumentací se přitom
vypořádal dostatečným a přezkoumatelným způsobem. Reagoval i na poznámku stěžovatelky,
že protokol je veřejnou listinou. Tuto skutečnost však vzhledem k obsahu protokolu nepovažoval
za významnou (bod 47 rozsudku).
[35] K namítanému nedostatečnému zjišťování skutkového stavu Nejvyšší správní soud uvádí,
že se správce daně podrobně zabýval všemi projekty výzkumu a vývoje, které byly zahrnuty
do odčitatelné položky. Přestože ve zprávě o daňové kontrole opakovaně uvedl, že za kompletní
projekty považoval pouze krycí listy, z popisu jeho postupu je zřejmé, že do svého hodnocení
zařadil i další listiny, které na tyto krycí listy odkazovaly (zejména průvodní listy vývojového
úkolu, zápisy z valné hromady atd.). Posuzoval tedy všechny listiny, které stěžovatelka
ke kontrole předložila. Ona sama přitom označila za projekt výzkumu a vývoje ve smyslu §34
odst. 5 zákona o daních z příjmů 2013, resp. §34c zákona o daních z příjmů 2014 právě krycí
listy. Ostatně i v kasační stížnosti se na jednu stranu domáhá toho, že měl správce daně vycházet
pouze z krycích listů stejně jako při místním šetření v roce 2013, na druhou stranu mu tento
přístup vytýká. Z rozhodnutí o odvolání je pak zřejmé, že i žalovaný při posouzení formálních
náležitostí projektů nevycházel pouze z krycích listů, ale zohledňoval i přílohy, na které se tyto
listiny odvolávají (viz např. bod 109), na průvodní listy projektů či zápisy z porad řešitelského
týmu (viz např. bod 110). U průvodních listů a zápisů z porad však podotkl, že se jedná již
o dokument vznikající až v průběhu realizace projektu, tedy tento dokument nemůže nahradit
či doplnit vlastní projekt, který má být vypracován před zahájením projektu.
[36] Stěžovatelka se ve svých podáních opakovaně odvolávala na další listiny či dokumenty
nad rámec krycích listů, které měly být zohledněny. Tyto však v průběhu řízení nekonkretizovala,
a nečiní tak ani v kasační stížnosti. Bylo přitom na ní, aby správním orgánům předložila ucelené
dokumenty splňující náležitosti předepsané zákonem, a obhájila tak svůj nárok na odčitatelnou
položku. Nejvyššímu správnímu soudu není zřejmé, které listiny měly zůstat opomenuty. Řízení
o kasační stížnosti je ovšem ovládáno zásadou dispoziční. Obsah, rozsah a kvalita kasační
stížnosti předurčují obsah, rozsah a kvalitu následného soudního rozhodnutí. Je-li tedy kasační
stížnost kuse či obecně zdůvodněna, je tak předurčen nejen rozsah přezkumné činnosti soudu,
ale i obsah rozsudku soudu. Soud není povinen ani oprávněn domýšlet argumenty za stěžovatele
či dohledávat důkazní prostředky svědčící v jeho prospěch. Takovým postupem by přestal být
nestranným rozhodčím sporu, ale přebíral by roli advokáta (srov. rozsudek rozšířeného senátu
Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 8. 2010, č. j. 4 As 3/2008 - 78, a rozsudky Nejvyššího
správního soudu ze dne 15. 2. 2012, č. j. 1 Afs 57/2011 - 95, ze dne 22. 4. 2014,
č. j. 2 Ads 21/2014 - 20, ze dne 27. 10. 2010, č. j. 8 As 22/2009 - 99, ze dne 18. 6. 2008,
č. j. 7 Afs 39/2007 - 46, ze dne 17. 12. 2008, č. j. 7 As 17/2008 - 60).
[37] Stěžovatelce lze přisvědčit v tom, že by rozhodnutí žalovaného neobstálo, pokud by bylo
alespoň v případě jednoho projektu prokázáno splnění formálních náležitostí. Takový projekt
však stěžovatelka nedoložila. I projekt demonstrovaný v odvolání vykazoval nedostatky, které
žalovaný popsal ve svém rozhodnutí a které stěžovatelka nijak konkrétně nevyvrátila. Její
argumentace v žalobě se totiž vztahuje paušálně na všechny projekty bez rozlišení a zůstává
fakticky u prostého opakování, že projekty náležitosti obsahovaly. Z rozhodnutí je na druhou
stranu zřejmé, že žalovaný i krajský soud zkoumali formální náležitosti u všech projektů s tím,
že zjištěné nedostatky uvedli demonstrativně. K vyloučení nároku na odčitatelnou položku
přitom zcela postačí, že krajský soud zkoumal a označil pouze konkrétní náležitosti, které
v projektech nebyly řádně uvedeny. Nebylo nutné, aby se podrobně zabýval všemi formálními
náležitostmi, pakliže shledal deficity již u položek jako cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení
projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení, způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených
výsledků, jméno a podpis odpovědné osoby za projekt výzkumu a vývoje, či datum zahájení a datum ukončení
řešení projektu.
[38] Co se týče cíle projektu, je pravdou, že žádný právní předpis výslovně nestanoví,
jak podrobně má být tento v projektu popsán. Zákon o daních z příjmů v tomto ohledu vyžaduje,
aby daňový subjekt v projektu objasnil jeho cíle, které jsou dosažitelné v době řešení projektu
a vyhodnotitelné po jeho ukončení. Cílem výzkumné a vývojové činnosti musí být dosažení jedinečného
řešení, které lze odlišit od běžné činnosti inovačního charakteru. Základním kritériem pro odlišení
výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti
a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty (§2 odst. 1 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře
výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků, a metodický pokyn
Ministerstva financí ČR č. D-288, který lze použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je
souladný se zákonem o daních z příjmů, srov. rozsudek tohoto soudu ze dne 27. 9. 2016,
č. j. 1 Afs 174/2016 - 38). Zákon současně stanoví požadavek, aby byl cíl po ukončení projektu
vyhodnotitelný.
[39] Nejvyšší správní soud vyložil zákonný požadavek na uvedení cíle projektu v rozsudku
ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017 - 53, tak, že: „je nepochybně třeba cíl v projektu výzkumu
a vývoje zformulovat dostatečně jasně, aby bylo zřejmé, v čem daňový subjekt spatřuje prvek novosti, resp. prvek
odstranění technické nejistoty, v čem se řešení liší od současného stavu a jaký bude jeho přínos. Odborná literatura
v tomto smyslu uvádí, »že tato část projektu musí být zpracována tak, aby bylo možné dovodit z ní: 1. Jaký je
aktuální stav v dané oblasti (co již je využíváno, co existuje, co standardně funguje, tzn. předložení informací
o stávajícím stavu např. činnosti, postupu, výrobku, technologii, materiálu, jevu, struktuře, stavu, službě atd.
v dané oblasti ve světě, na území České republiky, v určité obchodní korporaci); 2. Důvod nutnosti změny
stávajícího stavu a potřeby nového navrhovaného řešení (proč je tento stávající stav pro poplatníka nevyhovující
a proč je nutné již zavedené skutečnosti měnit); 3. Navrhovaný postup k dosažení cíle/cílů (tj. časovou řadu
postupů, pomoci kterých se má uvažovaných výzkum a vývoj realizovat); 4. Vyhodnocení cílů po skončení projektu
(cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu, musí být po skončení projektu vyhodnotitelné, proto se
má za to, že nelze stanovit cíl, který následně nelze reálně vyhodnotit). V této části projektu tedy poplatník
specifikuje a identifikuje nové skutečnosti, tj. prvek novosti, a hodnotí technická a výzkumná rizika. Zároveň
poplatník v tomto bodě dokládá důkazní prostředky, jak své cílové předpoklady či cíle naplní. Bude se zpravidla
jednat o konkrétní, detailní, technické informace, které budou tvořit podstatu realizovaného výzkumu a vývoje.
Z projektu by mělo být zřejmé, jak je výzkumný projekt rozfázován (časová řada postupů), a měl by být navržen
i náhradní postup v případě, že řešení projektu nebude mít předpokládané pozitivní výsledky« (Radvan, M. a kol.
Důchodové daně. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2016, s. 155).“ Písemně vymezené cíle
projektu tedy musí být určité, dosažitelné a vyhodnotitelné. Každý by měl z projektu pochopit,
o co se usiluje, jakým způsobem (jakou cestou) se toho chce dosáhnout, a jak se bude testovat,
zda takto vymezené cíle byly nebo nebyly dosaženy.
[40] Jak vyplývá z bodu 39 rozsudku krajského soudu, právě touto optikou posuzoval
vymezení cílů projektů ve stěžovatelkou předložené dokumentaci a Nejvyšší správní soud mu
dává za pravdu, že popsaným požadavkům tato dokumentace nedostála. Tento nedostatek lze
demonstrovat i na stěžovatelkou příkladmo uvedeném projektu č. 29. V něm je cíl vymezen jako
„Perforování plechu (RIMIC)“. Takto vymezený cíl však nevypovídá nic o tom, v čem bude vývojová
činnost spočívat. Skutečnost, že stěžovatelka vyrobí označené zařízení, které bude pracovat
s patentovanou technologií RIMIC nijak nesvědčí o tom, že stroj bude zkonstruován na základě
znalostí a dovedností, kterými stěžovatelka předtím nedisponovala, resp. které nebyly běžně
známé. Na tom nic nemění, že se jedná o nové a jedinečné zařízení. Jak již uvedl Nejvyšší správní
soud v rozsudku ze dne 25. 6. 2020, č. j. 7 Afs 447/2018 - 55: „Novost a jedinečnost je totiž dána
u každého zařízení, které je vyrobeno tzv. „na míru“. Tyto vlastnosti však samy o sobě ještě negarantují,
že je dané zařízení výsledkem výzkumné či vývojové činnosti. Při té totiž, zjednodušeně řečeno, nejde jen
o zhotovení dalšího an sich originálního výstupu, ale o jeho vytvoření za pomoci principiálně zcela nových řešení.“
Stěžovatelka proto měla v cíli projektu ozřejmit, jak hodlá dosáhnout kýženého cíle (sestrojení
daného jednoúčelového zařízení) za pomoci nových, neověřených či nevyzkoušených způsobů
aplikace dostupných (stávajících) znalostí. Jí užitý heslovitý popis cíle projektu bez vysvětlení
novosti navrhovaného řešení ve srovnání se stávajícím stavem poznání nelze považovat
za objasnění cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení.
Za cíl projektu nelze považovat ani popis funkcí daného zařízení a jeho přínosu, neboť zde není
nijak ozřejměn prvek novosti samotného řešení aplikovaného stěžovatelkou. Nedostatečným
(heslovitým) popisem cíle trpí všechny projekty, u nichž stěžovatelka uplatnila odčitatelnou
položku. V bodě 39 rozsudku krajský soud provedl toliko jejich příkladmý výčet. Nedostatečné
vymezení cíle projektu je přitom třeba považovat za zásadní formální nedostatek, neboť tato
náležitost definuje samotnou výzkumnou a vývojovou činnost (vymezuje její podstatu, budoucí
náplň a průběh).
[41] Nejde však zdaleka o jediný formální nedostatek. Další nedostatek spočívá ve způsobu
hodnocení, jaký si stěžovatelka v projektech vymezila. V projektech č. 23 - 33 odkázala
na průvodní listy, které však žádný způsob hodnocení projektu nevymezují a odkazují dále
na zápisy z jednání oponentní komise a kontrolních dnů, tedy na výstupy kontrol provedených
po zahájení projektů. Ostatně samy průvodní listy zachycují již vlastní realizaci projektů,
jak správně podotkl žalovaný. Ve zbývajících projektech je způsob hodnocení vymezen
univerzálně
takto:„dosažené výsledky jsou postupně kontrolovány a hodnoceny zákazníkem při pravidelných
kontrolách, konečné zhodnocení probíhá při oživení zařízení před instalací u zákazníka, na základě výsledků
pro oživení zařízení se provedou nutné úpravy a vylepšení“. Lze přisvědčit správním orgánům a krajskému
soudu, že takové vymezení způsobu hodnocení je zcela obecné a nicneříkající. Odráží totiž fakt,
že si stěžovatelka řádně nevytkla cíle projektu (viz výše), které by bylo možno v průběhu jeho
realizace hodnotit. Absence jmen osob odborně zajišťujících řešení projektu a jejich pracovního
zařazení ve většině projektů již jen dokresluje nedůslednost při jejich zpracování. Skutečnost,
že v některých projektech byly tyto osoby řádně označeny, nemůže ničeho změnit na tom,
že všechny projekty trpí zásadním formálním nedostatkem v samotném vymezení jejich cílů
a způsobu jejich hodnocení. Co se týče data zahájení a ukončení projektů, nelze přehlédnout,
že v některých krycích listech je zřejmý rozpor mezi předpokládanou délkou trvání projektu
a tamtéž uvedeným datem jeho zahájení a ukončení (např. u projektu č. 25 je v krycím listu
uvedena délka trvání 5 měsíců, avšak projekt měl trvat od června do prosince 2008, tedy
7 měsíců. Obdobně je tomu u projektů č. 23 a 32). Tento nesoulad nelze vysvětlit technickou
nejistotou, neboť všechna data měla být v krycím listu uvedena před zahájením projektu, tudíž by
měla navazovat.
[42] V případě další formální náležitosti spočívající ve schválení projektu ze strany statutárního
orgánu je možno přisvědčit stěžovatelce, že není nutné trvat přímo na podepsání dokumentu
obsahujícího projekt, ale postačuje doložení zápisu z valné hromady, která příslušný projekt
schválila. Rozhodné přitom je, zda lze ze zápisu jasně identifikovat souhlas s realizací daného
projektu. Je-li ze zápisu souhlas s konkrétním projektem zřejmý, netřeba trvat na tom, aby byl
součástí zápisu dotčený krycí list, či na tento bylo výslovně odkazováno. Jinými slovy, podstatné
je, aby byla z doloženého zápisu z valné hromady seznatelná vůle nejvyššího orgánu dané
právnické osoby realizovat daný projekt výzkumu a vývoje. Příslušný zápis však musí
pochopitelně tvořit součást projektové dokumentace (zde krycího listu), což v posuzované věci
nebylo naplněno - stěžovatelka zápisy předložila dodatečně k požadavku správce daně. Nadto
byly některé projekty schváleny evidentně ex post (viz dále).
[43] Absenci formálních náležitostí v předložených projektech nelze dohánět odkazem
na dokumentaci týkající se smluvního vztahu se zákazníkem či na podklady dokumentující vlastní
realizaci jednotlivých projektů. Projekt výzkumu a vývoje musí nutně předcházet zahájení vlastní
výzkumné či vývojové činnosti, a tedy i technické (konstrukční) dokumentaci zachycující vlastní
výsledek, k němuž projekt směřuje. V případě zakázkové výroby nelze projekt výzkumu a vývoje
ztotožňovat ani s komunikací či dokumentací určenou zákazníkovi. Jedná se o zcela samostatnou
písemnou dokumentaci, jejíž náležitosti upravuje zákon o daních z příjmů.
[44] Správce daně u každého projektu dále označil konkrétní rozpory či nesrovnalosti
v údajích uvedených v krycích listech. Např. u projektů č. 43, 45, 46 a 47 předcházelo uvedené
datum schválení projektů prvotní poptávce ze strany zákazníka. U projektů č. 26, 27, 28 a 34
předcházelo datum zahájení projektu uvedené v krycím listu datu vyhotovení projektu
uvedenému tamtéž. Ke schválení projektů č. 26, 27 a 28 došlo až po dokončení zakázky. Projekty
č. 40, 41 a 42 byly dle data uvedeného v krycím listu zpracovány poté, co stěžovatelka zpracovala
výrobní plán s technickým řešením projektu. U projektů č. 32, 33, 37, 38, 39, 41 a 42 předložila
stěžovatelka projekt rovněž ve verzi, která odpovídá interní směrnici platné až od roku 2014,
přestože se jednalo o projekty zahajované dle uvedeného data v letech 2011 až 2013. U projektů
č. 29, 30, 31, 45, 46 a 47 správce daně identifikoval rozpor mezi jejich pořadovými čísly a čísly
příslušných zakázek (data vyhotovení krycích listů u projektů č. 29 - 31 přitom byla zjevně
přepisována, což těmto dokumentům nedodává na důvěryhodnosti). Projekt č. 23 měl být dle
krycího listu zahájen v roce 2007, ačkoliv na něj v tomto roce nebyly dle krycího listu plánovány
žádné náklady. Tyto (a další) nesrovnalosti správce daně popsal a vysvětlil ve výsledku
kontrolního zjištění. Namísto toho, aby stěžovatelka nesrovnalosti řádně a věrohodně vysvětlila
a pochybnosti správce daně rozptýlila, reagovala tím, že zjištění správce daně bagatelizovala,
v obecné rovině odmítla či bez dalšího popřela. Zcela mylná je pak její domněnka, že by snad
krajský soud měl sám od sebe ověřovat správnost všech skutkových závěrů správce daně ohledně
zjištěných nesrovnalostí, pakliže ona sama konkrétní rozpory v žalobě neoznačila a nerozptýlila
odkazem na relevantní důkazní prostředky. Jak již bylo uvedeno výše, správní soudnictví
je ovládáno zásadou dispoziční. Soudy nemohou z vlastní iniciativy dohledávat důvody
nezákonnosti přezkoumávaných rozhodnutí či provádět komplexní revizi skutkových závěrů
správních orgánů.
[45] S ohledem na formální nedostatky projektů a výše popsané další nesrovnalosti, nezbývá
než přisvědčit závěru správních orgánů a krajského soudu, že stěžovatelka zpracování projektů
výzkumu a vývoje ve fázi předcházející zahájení vlastní vývojové činnosti nevěnovala dostatečnou
pozornost a péči. Požadavek správních orgánů a krajského soudu na předložení řádných projektů
obsahujících všechny zákonem stanovené náležitosti přitom nelze označit za přepjatý
formalismus. Nejedná se pouze o formální administrativní informace, ale o podstatné náležitosti
projektu, které správci daně umožňují věcnou kontrolu toho, zda byly náklady vynaloženy
za účelem předpokládaným v §34 odst. 4 zákona o daních z příjmů 2013, resp. §34b odst. 1
písm. a) zákona o daních z příjmů 2014, tj. zda byla v rámci projektu realizována výzkumná
a vývojová činnost (materiální prvek). Na řádnosti této dokumentace je nezbytné trvat
i s ohledem na to, aby bylo zabráněno spekulativnímu a účelovému uplatňování odpočtu
v závislosti na rozhodnutí poplatníka (srov. výše zmíněný rozsudek č. j. 6 Afs 60/2014 - 56).
Jak konstatoval Nejvyšší správní soud v již citovaném rozsudku č. j. 10 Afs 77/2017 - 53:
„Zákonné vymezení toho, co konkrétně má projekt výzkumu a vývoje obsahovat, nelze proto jednoduše přejít
a prověření, zda stěžovatelčiny projekty výzkumu a vývoje dostály zákonným požadavkům na obsah, označit
za přepjatý formalismus (srov. rozsudek ve věci ABADIA, body 40-42). Formalizovaný projekt je jedním
z nástrojů zabránění zneužívání institutu odpočtu nákladů vynaložených na výzkum a vývoj.“
[46] Na základě výše uvedených důvodů neshledal Nejvyšší správní soud námitky týkající se
vyloučení odčitatelné položky na výzkum a vývoj důvodnými.
[47] Jelikož však Nejvyšší správní soud přisvědčil námitce stěžovatelky týkající se vyloučení
nákladů u zakázky č. 211079, které vykázala po datu 22. 9. 2011, zrušil napadený rozsudek
krajského soudu (§110 odst. 1 věta první s. ř. s.). Jelikož již v řízení před krajským soudem byly
dány důvody pro zrušení rozhodnutí žalovaného a krajský soud by nemohl postupovat jinak, než
rozhodnutí žalovaného zrušit a věc mu vrátit k dalšímu řízení, Nejvyšší správní soud za použití
§110 odst. 2 písm. a) s. ř. s. současně zrušil i žalobou napadené rozhodnutí žalovaného a věc mu
vrátil k dalšímu řízení (§78 odst. 1 a 4 s. ř. s.). Zruší-li Nejvyšší správní soud i rozhodnutí
správního orgánu a vrátí-li mu věc k dalšímu řízení, je tento správní orgán vázán právním
názorem vysloveným Nejvyšším správním soudem ve zrušovacím rozhodnutí [§110 odst. 2
písm. a) s. ř. s. ve spojení s §78 odst. 5 s. ř. s.]. To znamená, že v dalším řízení provede řádně
hodnocení důkazů týkajících se skutečného data ukončení zakázky č. 211079, v případě potřeby
pak dosud provedené důkazy adekvátním způsobem doplní.
[48] Protože Nejvyšší správní soud zrušil rozsudek krajského soudu i rozhodnutí žalovaného,
je povinen rozhodnout kromě nákladů řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení, které
předcházelo zrušenému rozhodnutí krajského soudu (§110 odst. 3 věta druhá s. ř. s.). Výrok
o náhradě nákladů řízení se opírá o §60 odst. 1 věta první s. ř. s. (ve spojení s §120 s. ř. s.), podle
kterého má úspěšná stěžovatelka právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů proti
žalovanému, který ve věci úspěch neměl.
[49] V řízení o žalobě a o kasační stížnosti stěžovatelka vynaložila soudní poplatky v celkové
výši 8 000 Kč. Dále má stěžovatelka právo na náhradu nákladů právního zastoupení za pět úkonů
ve věci (převzetí a příprava zastoupení, podání ze dne 5. 4. 2019, účast na dvou jednáních před
soudem, sepis kasační stížnosti) dle §11 odst. 1 písm. a), d) a g) vyhlášky č. 177/1996 Sb.,
o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif)
po 3 100 Kč za úkon [§7 ve spojení s §9 odst. 4 písm. d) téže vyhlášky]. Nejvyšší správní soud
nepřiznal odměnu za podání žaloby, neboť ji podala sama stěžovatelka, ani za převzetí a přípravu
zastoupení před Nejvyšším správním soudem, jelikož daný advokát stěžovatelku zastupoval již
v řízení před krajským soudem, s věcí i s rozsudkem tak musel být dobře seznámen (srov.
rozsudky zdejšího soudu ze dne 21. 7. 2010, č. j. 3 Ads 80/2010 - 72, ze dne 29. 9. 2011,
č. j. 8 Afs 12/2011 - 183, či ze dne 18. 8. 2016, č. j. 9 Azs 157/2016 - 34). Dále nepřiznal odměnu
za vyjádření k výzvě dle §51 s. ř. s. a k osobám soudců a za vyčíslení nákladů, neboť se nejedná
o podání ve věci samé (srov. rozsudek ze dne 7. 10. 2020, č. j. 7 As 54/2019 - 88). K odměně
za pět úkonů právní služby soud připočetl paušální náhradu hotových výdajů zástupce
stěžovatelky ve výši 300 Kč za jeden úkon, tj. celkem částku 1 500 Kč (§13 odst. 4 advokátního
tarifu) a dále náhradu cestovních výdajů (§13 odst. 5 advokátního tarifu) a náhradu
za promeškaný čas zástupce v souvislosti s účastí na jednáních před krajským soudem [§14
odst. 1 písm. a) a odst. 3 advokátního tarifu] ve výši 4 520 Kč. Jelikož zástupce stěžovatelky
v řízení doložil, že je plátcem DPH, odměna se podle §57 odst. 2 s. ř. s. zvyšuje o částku
odpovídající této dani, která činí 21 % z částky 21 520 Kč, tj. 4 519 Kč. Žalovaný je tak povinen
zaplatit na náhradě nákladů řízení celkem 34 039 Kč do 15 dnů od právní moci tohoto rozsudku,
k rukám zástupce stěžovatelky.
Poučení: Proti tomuto rozsudku ne j so u opravné prostředky přípustné.
V Brně dne 9. září 2021
Mgr. David Hipšr
předseda senátu